У дорослому футболі дебютував 2005 року виступами за команду клубу «Такуарі», в якій провів два сезони, взявши участь у 24 матчах чемпіонату.
2008 року перейшов до одного з провідних парагвайських клубів, «Лібертада», в якому пробитися до основного складу не зміг, провівши протягом року лише одну гру.
30 липня 2009 року молодий парагваєць перебрався до Іспанії, уклавши п'ятирічний контракт з «Вільярреалом». Протягом перших двох сезонів він грав за «Вільярреал Б», а до основної команди почав залучатися 2011 року.
Влітку 2015 року контракт парагвайця з «Вільярреалом» закінчився, і він на правах вільного агента став гравцем «Еспаньйола», з яким підписав чотирирічну угоду. У складі барселонської команди відразу став гравцем основного складу.
Першу половину 2018 року провів в оренді в «Алавесі», після чого повернувся до «Еспаньйола».
23 липня 2019 року Перес розірвав угоду з «Еспаньйолом» і підписав контракт на три роки з катарським «Аль-Аглі» (Доха)[1].
Виступи за збірні
2009 року залучався до складу молодіжної збірної Парагваю. На молодіжному рівні зіграв у 15 офіційних матчах, забив 9 голів.