Народився в родині пароха села Дошниця, що в Західній Лемківщині, отця Антона Сембратовича та Анни Вислоцької, також з священничої родини. Мав сестру Теклю (†1912, Пациків) та молодшого брата Людвіга (24.12.1837–01.05.1892) — майбутнього генерал-майора австрійської армії.
28 лютого 1879 року іменований єпископом-помічником львівським з титулярним престолом в Юліополісі для митрополита Йосифа Сембратовича, 20 квітня 1879 року відбулася єпископська хіротонія, з 1882 року — львівським адміністратором.
1870 разом з отцем Юліяном Пелешем заснував богословський журнал «Рускій Сіонъ»; з о. Ю.Пелешем і о. О.Лепким склав для народу «Изборникъ благопотребныхъ церковныхъ чиновъ и службъ» (1870) та видав перший молитовник народною мовою (1879).
Сембратович скликав 1891 року провінціальний синод у Львові, 1884 року заснував дівочий інститут під управою Сестер Василіянок і 1889 року збудував нову духовну семінарію у Львові, заснував священиче Товариство св. Павла, що провадило місії і видавало релігійні книги. Також Товариство святого апостола Петра, що допомагало бідним парафіям.