Місто розташоване на правому березі річки Полуй, за 2436 км від Москви. За 16 км від Салехарда, знаходиться місто й найближча залізнична станція Лабитнангі.
Місто розташоване на межі субарктичного і помірного кліматичних поясів. Сумарна сонячна радіація 74 ккал на квадратний сантиметр. Ізотерми січня −23 градуси, липня +14 градусів. Річна кількість опадів становить від 450 до 500 мм. Число днів з сніговим покривом і стійкими морозами — до 200 на рік.
Місто було засновано 1595 року як фортеця на Обі. До 1933 називалося Обдорськ (від слова «Об»). Назва «Салехард» походить від ненецького «Сале-Харн» — селище на мисі.
Місто зв'язане поромною переправою через Об (влітку) і льодовою дорогою (взимку) із залізничною станцією Лабитнангі. Ведеться будівництво автодороги Салехард — Надим, причому її головна ділянка Салехард — Аксарка вже збудована. У 1949–1953 роках Салехард був одним з базових пунктів будівництва Трансполярної магістралі (Обський ВТТ та будівництво 501). У місті також є річковий порт (пасажирське сполучення з Ханти-Мансійськом, Омськом і селищами на берегах Обської губи) і аеропорт.
У Салехарді починається недіюча залізнична гілка до Нового Уренгою, що проходить також через Надим. Колись планувався міст через Об між Салехардом і Лабитнангі, який так і не було збудовано (Обський ВТТ та будівництво 501).