Пізніше навчався у Львівському університеті на біологічному факультеті. Після студіювання майбутній вчений працював асистентом професора Йозефа Насбаума-Гіляровича, під керівництвом якого захистив докторську дисертацію та став викладати у Львівському університеті.
З початком Першої світової війни Рудольф Вайґль потрапив до армії, де служив військовим лікарем. Майбутній науковець стикнувся з епідемією епідемічного висипного тифу серед австрійських військових і російських полонених. У 1918 році Вайґль виготовив вакцину проти епідемічного висипного тифу, що врятувала життя багатьох людей. У процесі роботи він сам заразився і перехворів цією хворобою. Виготовлену вакцину вперше випробував на собі. Його дослідження надалі використав у роботі з викорінення епідемічного висипного тифу його учень Генрик Мосінг.
Викладав у Львівському університеті Яна Казимира. Виїздив у наукові закордонні відрядження з метою поширення свого видатного відкриття. Під час Другої світової війни працював в окупованому нацистами Львові, що спричинило безпідставні звинувачення у колабораціонізмі (пізніше з цих причин науковець не зміг стати Нобелівським лауреатом). Незважаючи на підтверджену участь вченого в Русі опору нацистам і його допомогу потерпаючим від війни, науковець зазнав переслідування з боку комуністичної влади й вимушений був залишити Львів та емігрувати до Польщі.