Значну частину кар'єри провів у Іспанії, провівши там понад 200 ігор, зокрема, грав за клуб «Еспаньйол», з яким став володарем Кубка Іспанії. Також грав за національну збірну Парагваю, з якою був учасником чемпіонату світу та Кубка Америки.
Клубна кар'єра
Розпочав грати у футбол на батьківщині в кількох нижчоліговох клубах, а 2003 року, у віці 23 років відправився до Іспанії, де теж розпочав з виступів у нижчоліговій команді «Кальпе».
У 1993 році Мігеля запросили в мадридський «Атлетіко». 25 вересня в матчі проти хіхонського«Спортінга» він дебютував у Ла Лізі. За півроку в Мадриді Бенітес зіграв всього в 10 зустрічах, програвши конкуренцію Кіко, Маноло і Косецькому. Через це сезон 1994/95 він провів у «Мериді» на правах оренди. У 23 матчах за клуб він забив 10 м'ячів і допоміг команді виграти Сегунду та вийти у Прімеру.
Влітку 1995 року Мігель перейшов до барселонського«Еспаньйола». 3 вересня 1995 року в матчі проти «Саламанки» Бенітес дебютував у новому клубі. У 1996 році він зайняв з командою четверте місце у чемпіонаті Іспанії, що є для нього найвищим досягненням за час іспанської кар'єри. У 2000 році він виграв з командою Кубок Іспанії, але в подальшому втратив місце в основі і на початку 2002 року покинув «Еспаньйол», провівши за клуб 147 матчів і забивши 29 м'ячів у Ла Лізі.
1996 року дебютував в офіційних матчах у складі національної збірної Парагваю. У 1998 році Бенітес потрапив в заявку команди на чемпіонат світу у Франції. На турнірі він взяв участь у всіх чотирьох зустрічах, проти Іспанії, Болгарії, Нігерії і Франції. У поєдинку проти збірної Нігерії, він забив гол і допоміг команді здобути перемогу[1].
Наступного року Мігель поїхав з командою на домашній Кубок Америки 1999 року. На турнірі він забив три м'ячі, двічі вразивши ворота збірної Японії (4:0) і один раз відзначився у матчі чвертьфіналу проти Уругваю (1:1). Втім в цій же грі з уругвайцями саме Бенітес став єдиним гравцем, що не реалізував післяматчевий пенальті, через що парагвайці покинули турнір[2].
Всього протягом кар'єри у національній команді, яка тривала 4 роки, провів у формі головної команди країни 29 матчів, забивши 11 голів[3].