Народився 17 січня2001 року в Сан-Мартіні, Аргентина і був названий на честь триразового переможця Кубка Америки Енцо Франческолі через захоплення його батька Рауля уругвайським футболістом[3]. Вихованець футбольної академії клубу «Рівер Плейт», за яку виступав з 2006 року[4][3]. У січні 2019 року був включений до заявки першої команди «Рівер Плейта», проте його дебют в основному складі клубу відбувся лише 4 березня 2020 року в матчі Кубка Лібертадорес проти «ЛДУ Кіто» (0:3), в якому Фернандес замінив Сантьяго Сосу[5].
У серпні 2020 року Фернандес відправився в оренду в клуб «Дефенса і Хустісія»[6]. 17 вересня 2020 року дебютував за клуб у матчі Кубка Ліберадорес проти «Дельфіна» (3:0)[7]. За підсумками сезону став з командою переможцем Південноамериканського кубка 2020 року, здобувши таким чином перший трофей у своїй кар'єрі[8].
Влітку 2021 року повернувся до «Рівера Плейту», після чого закріпився в основному складі клубу. 14 серпня 2021 року забив свій перший гол за «Рівер Плейт» у матчі проти «Велес Сарсфілд» (2:0)[9]. У грудні 2021 продовжив свій контракт з «Рівер Плейт» до 2025 року[10]. Після багатообіцяючого старту в сезоні 2022 року, в якому він забив вісім голів і віддав шість результативних передач у 19 іграх, Фернандес був визнаний найкращим молодим футболістом Аргентини і отримав зацікавлення від кількох європейських команд[8][11][12][13].
14 липня 2022 року перейшов до лісабонської «Бенфіки» за 10 млн євро (плюс 8 млн євро бонусів)[14]. Згідно з умовами угоди, «Рівер Плейт» отримає 25 % від майбутнього продажу гравця[15]. У «Бенфіці» Фенандес отримав футболку з номером «13», яку носив легенда клубу Ейсебіо[16]. 2 серпня 2022 року дебютував за «Бенфіку», вийшовши у стартовому складі у матчі третього кваліфікаційного раунду Ліги чемпіонів УЄФА проти «Мідтьюлланна» і відзначився забитим м'ячем[17]. 5 серпня 2022 року забив гол у своєму дебютному матчі в португальській Прімейра-лізі проти «Ароки»[18].
31 січня 2023 Фернандес перейшов в англійський клуб « Челсі», підписавши восьмирічний контракт. Вартість трансферу склала 121 млн євро (106,8 млн фунтів), що стало рекордом для Великої Британії[19].