Друкувати свої твори почав з 1872 р., опублікував свою роботу «Опис і тлумачення дворянських гербів південноросійських прізвищ в творах духовних письменників XVII ст.» в працях Київської духовної академії (рос.Описание и истолкование дворянских гербов южнорусских фамилий в произведениях духовных писателей XVII в., Труды КДА), і отримав за неї Євгенієво-Румянцевську премію. 24 травня 1874 р. він був затверджений у ступені кандидата богослов'я з правом отримання магістерського ступеня без нового усного випробування за успіхи в навчанні та за працю «Петро Могила і Ісайя Копинський: Вступ Петра Могили на Київську митрополію та його відношення до Ісаї Копинського» (рос.Пётр Могила и Исайя Копинский: Вступление Петра Могилы на Киевскую митрополию и его отношения к Исайи Копинскому).
27 вересня 1874 р. став приват-доцентом на кафедрі російської церковної історії Київської духовної академії.
15 вересня 1883 р. отримав ступінь магістрабогослов'я за працю: «Київський митрополит Петро Могила і його сподвижники» (рос.Киевский митрополит Петр Могила и его сподвижники, К., 1883 р.). Ця робота була високо оцінена, і за неї він отримав половинну Уваровської і Макарівської премії Священного Синоду РПЦ МП.
З 15 лютого 1884 р. перебував штатним доцентом на кафедрі історії та викриття російського розколу.
У 1887 р. одружився з дочкою професора П. Терновського Олені Пилипівні Терновській.
З 1891 р. був виконуючим обов'язки екстраординарного професора Київського університету і був затверджений на цій посаді 8 жовтня 1899 р..
У 1898 році вийшов його другий том праці «Київський митрополит Петро Могила і його сподвижники», тоді ж удостоєний Уваровської і Макарівської премій.
17 березня 1899 р. удостоєний ступеня доктора церковної історії за клопотанням Ради Казанської духовної академії. Від 1899 р. був ординарним професором Київської духовної академії, з 1900 року — заслуженим ординарним професором, від того ж року також ординарним професором Київського університету. Публікував багато робіт з історії малоросійської і західноросійської церкви, рецензії на праці інших досліджень у різних наукових виданнях.
У 1906 р. брав участь в засіданнях «Передсоборної присутності», де виступав за відновлення патріаршества.
Автор досліджень з історії Київської духовної академії, церковного і культурного життя України XVI—XVIII ст.[2].
Професор Голубєв був затятим противником українства. Як розповів у спогадах Олександр Лотоцький, професор Голубєв надіслав до Синоду заяву про «неблагонадійність» Василя Біднова і на доказ цього — написаний Василем Олексійовичем лист українською мовою. Лист не містив нічого «крамольного», «злочином» була його мова[4].
↑ абЗвід пам'яток історії та культури України: Енцикл. вид.: У 28 т. / Редкол.: В. А. Смолій (голова) та ін. — К.: Голов. ред. Зводу пам'яток історії та культури при вид-ві «Українська Енциклопедія» ім. М. П. Бажана, 1999. — Кн. 1. –Ч. 1. — Київ. — А — Л. — 608 с.
Історія української бібліотечної справи в іменах (кінець ХІХ ст. – 1941 р.) : матеріали до біобібліографічного словника / авт.-уклад. Л.В. Гарбар ; відп. ред. Л.А. Дубровіна ; НАН України, Нац. б-ка України ім. В.І. Вернадського, Ін-т рукопису. – К.: НБУВ, 2017. – С. 103-104. http://irbis-nbuv.gov.ua/everlib/item/er-0002146 [Архівовано 27 березня 2019 у Wayback Machine.]