Своєю грою за останню команду привернув увагу представників тренерського штабу клубу «Цюрих», до складу якого приєднався в січні 2006 року. Відіграв за команду з Цюриха півтора сезони. Більшість часу, проведеного у складі «Цюриха», був основним гравцем команди. За цей час двічі виборов титул чемпіона Швейцарії.
Влітку 2007 року уклав контракт з клубом «Удінезе», у складі якого провів наступні чотири роки своєї кар'єри гравця. Граючи у складі «Удінезе» також здебільшого виходив на поле в основному складі команди.
До складу клубу «Наполі» приєднався у липні 2011 року за 12 мільйонів євро, у складі якого провів наступні чотири роки своєї кар'єри гравця. Граючи у складі «Наполі» також здебільшого виходив на поле в основному складі команди і встиг відіграти за неаполітанську команду 115 матчів у національному чемпіонаті.
19 серпня2015 року підписав трирічний контракт з англійським клубом «Лестер Сіті». «Наполі» на продажі Інлера заробило приблизно 5 млн фунтів[1]. Протягом сезону, за результатами якого «Лестер» сенсаційно став чемпіоном Англії, швейцарець відіграв за команду з Лестера лише 5 матчів у Прем'єр-лізі.
В останній день трансферного вікна 31 серпня 2016 року 32-річний півзахисник перейшов до турецького «Бешікташа».