Hotan şehri, dört mahalle komitesi (社区居民委员会 jūmínwěiyuánhùi), bir kasaba (镇 zhèn), üç kırsal belde (乡 xiāng) ve bir özel kırsal belde (虚拟乡) gibi yerleşim birimlerinden oluşur.
"ادن Udun" "Xotan şehrinin adı. Xotanda oturanlara da udun derler"[5][6] ve "قاش اكوز Kaş Öküz: Xotan şehrinin iki yanından akan iki deredir” gibi bilgiler verilmiştir.
Eski Çağ'da
Hotan Eski Çağ'da Budist kültürünü Orta Asya'ya bağlayan önemli bir merkezdi. Çinliler tarih boyunca buraya büyük önem vermişler ve kutsal kabul ettikleri yeşim taşı sebebiyle Hotan'da yaşayan halk ile iyi geçinmeye çalışmışlardır. Hotan'ın 8,5 km batısında yapılan kazılarda manastır kalıntıları ve keşiş hücreleri ile birlikte Budizmle ilgili Sanskritçe belgeler bulunmuştur.
Orta Çağ'da
Batı Türkleri Miladi 632 yılında Hotanı aldılar ve Hotan beyinin 649 yılında lakabı yabgu idi.[7] 641 yılından önce Hotan şehri yanında "Ts'io-mo" da Batı Türklerinin bir valisi vardı ve 646 yılında "She-Küei" Kağan Hotan'a sahip oldu.[8]
658 yılında Çinliler Hotanı geri aldılar, 659 yılında da Tu-man Tigin geri aldı.[9] 670 yılında Tibetliler Hotanı aldı.[10] 704 yılında Kul Çur Hotan'da K'an şehrini aldı. 739 yılında etrafında Hotan Türgiş Kağanlarına bağımlı idi.[11] 9. yüzyılda Hotan Türkistan'da sayılırdı ve hükümdarın adı "Al-mu'azzam al-Türk va al-Tubbut" (Türklerin ve
Tibetlilerin muazzamı) şeklinde tanımlanmıştır.[12]
Uygur Devleti zamanında Türkleşen şehir, Karahanlılar zamanında İslamlaştı. 10. asırda yazılmış bazı İslam kaynaklarında Hotan'la ilgili ayrıntılı bilgiler mevcuttur.
Yarkand Hanlığı dönemi
Doğu Türkistan'da 1514 ile 1680 yılları arasında Altışehir (Altıshahr) olarak bilinen Hotan, Yarkent, Yengihisar, Kaşgar, Aksu ve Uçturfan gibi şehirleri içine alan bölgede Yarkand Hanlığı, (mamlakati Yarkand, mamlakati Moghuliya, mamlakati Saidiya) egemenlik sürmüştür.
19. yüzyıl
Hotan 19. yüzyılda Çinliler ile Uygur Türklerinin mücadelelerine sahne oldu. 1877'de Yakup Bey'in ölümünden sonra şehir Çin idaresine geçti. Bu tarihten sonra Çin idaresine karşı çok sayıda isyan çıktı. Doğu Türkistan Türkleri, Mehmet Emin Buğra liderliğinde 1933'te Doğu Türkistan İslam Cumhuriyetini kurdu. Hotan şehri de aynı yıl bu devlete katıldı. 1949'da Çin'in kurulmasından sonra tekrar Çin idaresine giren şehir 1955'te yeni kurulan Sincan Uygur Özerk Bölgesine dahil edildi. Bu tarihte sonra da Çin idaresine karşı birkaç isyan meydana geldi. Bu isyanların tamamı kısa süre içinde bastırıldı.
Hotan aynı zamanda çok sayıda alimi ile meşhur bir şehirdir. Hoteni olarak tanınan bu alimlerden biri olan Kadı Cemaleddin el Hotani Anadolu Selçuklu sultanı IV. Kılıçarslan zamanında vezirlik yapmıştır.
Hotan, ayrıca tarih boyunca ve günümüzdeki zenginliği yerli halkın Yurungkaş Nehri adını verdiği kurumuş olan bir nehir yatağından çıkarılan yeşim (Çince: 玉 „Yù“) taşından gelir. Daoism (Taoism) dininin en yüksek tanrılarından biri olan Yeşim imparator'un ismidir. Çin kültüründe yeşim taşı takmanın iyi şans getireceğine inanılır. Ayrıca antik çağlarda yeşim taşının böbrek hastalıklarını iyileştirici gücü olduğuna inanılır. Bunun dışında bazı bölgelerde yeşim taşının diş çürüklerine ve ağrılarına iyi geldiğine de inanılmıştır. Şehirde metal ve değerli taş işlemeciliği gelişmiştir.
1982 yılında Sincan Üretim ve İnşaat Kolordusu kısaltılmış XPCC (Çince: basit 新疆生产建设兵团; geleneksel: 新疆生產建設兵團; Pinyin: Xīnjiāng Shēngchǎn Jiànshè Bīngtuán), denilen onüçüncü tarımsal bölümü İl düzeyi şehir olan Hotan İlinde kurulmuştur ve Hotan'dan yönetilir.