Klubben grundades 1884, även om man haft klubbar i staden som spelat sedan 1860-talet. 1889 var man med och bildade Midland Football League, som man vann första säsongen. Lincoln City var sedan en av de tolv klubbar som var med och bildade Second Division i The Football League 1892. Klubbens bästa säsong är en femteplats i Second Division säsongen 1901/02. Många anser dock att det bästa lag som klubben har haft är det som blev mästare av Central League 1911/12, efter att klubben röstats ur The Football League 1908 och 1911. Man vann även Midland League för andra gången 1908/09. Före första världskriget spelade man därefter i The Football League från 1912 till krigsutbrottet.
Efter kriget röstades Lincoln City ur The Football League 1920 och gick i stället med i Midland League, som man vann 1920/21. På hösten samma år var man med och bildade Third Division North i The Football League och man vann den divisionen första gången säsongen 1931/32. Det blev två säsonger i Second Division och nästa gång man vann Third Division North var 1947/48. Säsongen efter åkte man dock ur Second Division direkt, men det dröjde bara till säsongen 1951/52 innan klubben vann Third Division North för tredje gången. Efter nio säsonger i Second Division, med som bäst en åttondeplats säsongen 1955/56, åkte man ned till Third Division 1961. Redan första säsongen där åkte man ur igen, nu till Fourth Division.
Lincoln City lyckades vinna Fourth Division säsongen 1975/76, men 1979 var man nere igen. 1980/81 gick man upp till Third Division tack vare en andraplats, men 1986 åkte man ned till Fourth Division och året efter åkte man ur hela The Football League och ned till Football Conference. Den ligan vann man dock direkt och kom tillbaka till The Football League efter bara ett år. Säsongen 1997/98 kom man trea i fjärdedivisionen, som då bytt namn till Third Division i och med bildandet av FA Premier League, och gick upp till tredjedivisionen Second Division. Sejouren där blev bara ettårig och därefter spelade Lincoln City i fjärdedivisionen till och med 2010/11 (den hade vid det laget bytt namn till League Two), då man åkte ned till Conference Premier.
Samma säsong vann Lincoln City National League och uppflyttning till English Football League efter en sexårig frånvaro.[3]
Nästföljande säsong, 2017/18, vann Lincoln City EFL Trophy efter seger över finalmotståndaren Shrewsbury Town med 1–0 på Wembley Stadium, där klubben spelade för första gången någonsin.[4]
Den 5 april 2019 bestämdes det att Nettleham Ladies FC skulle bli Lincoln City Women från den 1 juni samma år. Lincoln vann League Two den 22 april 2019 genom att spela 0-0 mot Tranmere Rovers.[5] Laget hade varit först sedan den 25 augusti 2018 och uppflyttningen ledde till den första säsongen i League One sedan säsongen 1998/99.