Johan Skytte föddes som son till borgmästaren Bengt Nilsson Skräddare och Anna Andersdotter. Som ung kallade han sig Schroderus men tog vid adlandet 1604 namnet Skytte. Johan Skytte gifte sig 1606 med Maria Jakobsdotter Näf (Neaf), dotter till Jacob Näf och dennes hustru Karin Jakobsdotter Hampe. Johan Skytte var äldre bror till Ericus Schroderus, som var translator och ägde ett privat tryckeri som translator regius, den kunglige översättaren. Brodern Ericus Schroderus var under åren 1624–1629 ägare till godset Åkeshov i Bromma.
Som kammarråd hade han hand om finanserna under Gustaf II Adolf och hävdade då kungamaktens intressen; efter kungens död blev förhållandet mellan honom och den av Axel Oxenstierna dominerade gruppen mycket spänt, och han erhöll inte de ledande posterna i förmyndarstyrelsen, utan användes istället i diplomatiska uppdrag.[7]
1632 grundade Skytte Tartu universitet tillsammans med ärkebiskop Petrus Kenicius. Han fick också i uppdrag att driva in pengarna som behövdes för att betala Älvsborgs lösen. Han var grundare av Göta hovrätt och 1634 blev han dess förste president.
Skytterummet på Grönsö slott, plafond med släkten Skyttes emblem.
Johan Skyttes hus på Södermalm i Stockholm uppfördes på 1640-talet för riksrådet Johan Skytte.
Familj
Skytte gifte sig 5 januari 1606 med Maria Näf (död 1649). Hon var dotter till ståthållaren Jacob Näf över Västmanland och Dalarna och Carin Hampe. De fick tillsammans barnen Carl Gustaf Skytte (född 1606), Catharina Skytte (1607–1607), Vendela Skytte (1608–1629) som var gift med landshövdingen Hans Kyle, Anna Skytte (1610–1679) som var gift med landshövdingen Göran Gyllenstierna, Maria Skytte (1611–1647) som var gift med översten Johan Mårtensson Armlod, översten Sir Johan Skytte, d.y. (1612–1636), riksrådet Bengt Skytte (1614–1683), landshövdingen Jakob Skytte (1616–1654) och Heldina Skytte (1621–1642).[10]