Клојверт је пропустио већи део Еура 1996. због повреде колена. Током последње групне утакмице, након асистенције Дениса Бергкампа, погодио је против Енглеске, што је омогућило Холандији да се квалификује у нокаут фазу преко Шкотске због боље гол-разлике. Тамо су изгубили на пенале од Француске.
На Светском првенству 1998, Клојверт је искључен током утакмице са Белгијом од стране судије Колине након прекршаја. У четвртфиналу је постигао водећи погодак против Аргентине, а у полуфиналу изједначујући гол против Бразила. Холандија је касније од Бразила изгубила у извођењу једанаестераца.
На ЕП 2000. Клојверт је са 5 голова био најбољи стрелац турнира заједно са Савом Милошевићем. У четвртфиналној победи против СР Југославије постигао је хет-трик. У полуфиналном мечу са Италијом, након 0-0 у регуларном току и након продужетака у извођењу пенала је био успешан, али је Холандија испала.
На ЕП 2004. у Португалу га тадашњи селектор Холандије Дик Адвокат није уводио у игру. Тиме је он био једини члан репрезентације који није играо на том турниру.
Извори
^Strack-Zimmermann, Benjamin. „Patrick Kluivert (Coach)”. www.national-football-teams.com (на језику: енглески).