За време хрватског прољећа1971. године прикључио се хрватским реформистима (махом националистички оријентисаним) па је одлуком Јосипа Броза Тита суспендован 13. децембра исте године а ускоро и демобилисан из ЈНА, заједно са још 19 хрватских генерала. До осамостаљења Хрватске није могао јавно говорити нити деловати.
Рат у Хрватској
Током рата у Хрватској Јанко Бобетко одбија понуђено место Министра одбране Републике Хрватске, али се ипак враћа из пензије те укључује у рату у Хрватској,[2] а 10. априла 1992. године предсједник Фрањо Туђман му додељује чин генерала збора Хрватске војске (еквивалент генерал пуковнику). Готово истовремено послат је у Босну и Херцеговину ради командовања операцијама око Ливна. Исте године преузима заповедништво на јужном фронту током ког успешно води акције деблокаде Дубровника и операције у дубровачком залеђу: Тигар, Конавле и Влаштица.
Након тога, 20. новембра 1992. године постаје начелник Главног штаба Оружаних снага РХ и на том месту замењује генерала Антона Туса. Након деблокаде Дубровника и околине Јанко Бобетко води операције Масленица и Медачки џеп. Председник Туђман 15. јула 1995. године разрешио га је дужности Начелника штаба непосредно пре операције Олуја. У чин стожерног генерала (еквивалент генерала армије) унапређен 24. маја 1995. а пензионисан 15. септембра исте године. Од тада, па до 1999. године био је заступник ХДЗ-а у Хрватском сабору.
Бобетко 1996. године објављује књигу „Све моје битке” у којој је описао све своје победе у рату у Хрватској. У њој је приказао војне мапе у операцијама Липањске Зоре, Тигар, Масленица, Медачки Џеп, Бљесак и Олуја. У тој књизи је написао и:
Имам чист образ који ми допушта да иза себе оставим писани траг о свему што сам радио и довршио кроз свој више од пет десетљећа дуг војни и политички живот.
Међународни кривични суд за бившу Југославију (МКСЈ) га је 2002. године оптужио за ратне злочине почињене 1993. године у операцији Медачки џеп: прогоне, убиство 100 Срба, пљачку јавне или приватне имовине, безобзирно разарање градова, насеља или села. Бобетко је тада изјавио да у Хаг неће отићи жив и није хтио примити оптужницу.[2] Касније је спомињан и у контексту ратних злочина против Муслимана у Босни и Херцеговини, током муслиманско-хрватског сукоба, када га тужитељи МКСЈ-а често спомињу као учесника у плану припајања дијела Херцеговине Хрватској.[3][тражи се бољи извор] Ипак, због нарушеног здравља, није изручен суду.[2]
Био је један од потписника Отвореног писма дванаесторице хрватских ратних заповједника хрватској јавности од 28. септембра2000. године,[4] због којег је ондашњи предсједник РХ Стјепан Месић присилно пензионисао седморицу хрватских генерала.[5]
Повукао из јавног живота 2000. године. Преминуо је 29. априла 2003. у Загребу. Сахрањен је на Градском гробљу у Сиску.[2]
Референце
^Никола Анић, Антифашистичка Хрватска: Народноослободилачка војска и партизански одреди Хрватске 1941—1945., Мултиграф маркетинг-Савез антифашистичких бораца и антифашиста Републике Хрватске. . Загреб. 2005. p. 34. ISBN978-953-7254-00-1.
