Крајем септембра 1943. Десета херцеговачка бригада је нарасла на 10 ударних батаљона и око 1.650 бораца, па је преформирана у три групе ударних батаљона.
3. октобра1943. године у Брезовим Долинама у Љубомиру формирана је 1. група ударних батаљона. У њен састав су ушли: 2. (Требињски — привремено), 3. (Далматински), 7. (Билећки) и 8. (Љубомирски) батаљон.
3. октобра у селу Ублима код Билеће оформљена је Друга група ударних батаљона. У састав ове групе ушли су 4. (Билећки), 6. (Поповопољски), и 9. (Невесињски) батаљон.
25. октобра1943. године под планином Ситницом образована је и Трећа група ударних батаљона. У њу су укључени 2. (Требињски), 5. (Ливањски) и 10. (Чапљинско-столачки) батаљон.
Наредбом Врховног штаба за команданта дивизије постављен је потпуковник Владо Шегрт, дотадашњи заменик команданта Треће ударне дивизије. За политичког комесара именован је Драгиша Ивановић, дотадашњи политички комесар 5. црногорске бригаде, а за начелника штаба Раде Хамовић, дотадашњи командант Десете херцеговчке бригаде.
Наредбом су дотадашње групе ударних батаљона преименоване у бригаде, а у састав 29. дивизије ушле су:
Додатном наредбом од 18. децембра 1943. дивизији је додељена нумерација, те од тада носи назив 29. ударна дивизија НОВЈ. 13. јануара1944. бригадама је промењена нумерација: Друга херцеговачка преименована је у Једанаесту, а Трећа у Дванаесту.
Од формирања 29. ударна дивизија формацијски је припадала Другом ударном корпусу. Све до јануара 1945. ратовала је против јединица немачког 5. СС корпуса, чије су јединице биле задужене за источну Босну, Херцеговину и јужну Далмацију. Херцеговину је до пролећа 1944. покривала 7. СС дивизија, која је затим смењена од 369. легионарске. У акцијама су ангажовани и делови 118. ловачке дивизије из јужне Далмације.
Под непосредном тактичком командом 5. СС корпуса биле су и 6. пешадијска дивизија НДХ са штабом у Мостару, и 9. усташки здруг, чији је штаб био такође у Мостару На терену су се налазиле бројне јединице усташко-домобранске милиције и формације ЈВуО.
