У својим новоосвојеним земљама Турци су захтевали од локалног становништва да пређу у ислам, и спроводили су терор и страховладу.[4]
Бројни Срби у Османском царству нису желели да прихвате ислам, већ су кретали ка Аустроугарској монархији, која их је примала на своје територије и давала им извесне повластице, али су морали да ратују, као њени војници, за интерес германске царевине. Аустроугарска монархија је формирала подручје према Турској, под називом Војна крајина. Хрвати у Аустроугарској монархији нису имали иста права као Срби у Војној крајини током 17, 18. и 19. века.
Војна крајина је била посебна територија Хабзбуршке монархије под управом хабзбуршке војске, са потпуном цивилном и војном влашћу до њеног укидања.[5] Хрватска војна крајина је обухватала Лику, Кордун и Банију, док је Славонска војна крајина обухватала Славонију и Срем.
Цар Фердинанд II доноси 1630. године Влашки статут (лат.Statuta Valachorum), декрет којим су одређена права „Влаха” (термин је кориштен за заједнице православних избјеглица, првенствено Србе[а]) у Војној крајини, на начин да се стављају под директну управу Беча, уклањајући надлежност Хрватског сабора. Бечки двор је установио пуно закона везаних за подручје Војне крајине, од којих су најзначајнији „Војно-граничарска права” (1754) и „Крајишки темељни закон” (1807), ту су регулисана права и обавезе на имањима Срба Крајишника, где су Срби Крајишници уживали већа права него хрватски кметови — али Крајишници су та права плаћали животима, јер је требало ратовати за интересе Беча и Будимпеште.[11]
Хрватска и Славонска војна крајина, први и посљедњи окрузи Војне крајине, декретом су 15. јула 1881. године ушле у састав Краљевине Хрватске и Славоније, процес придружења је почео 1. августа 1881, када је хрватски бан Ладислав Пејачевић преузео команду кад Загребачким генералатом.[12]
Други светски рат и НДХ
Срби су дошли у наше крајеве с турским четама, као пљачкаши, као талог и смеће Балкана. Не можемо допустити да у нашој народној држави владају два народа. Један је Бог и један је народ који влада, а то је хрватски народ.[13]
— др Мирко Пук, министар правосуђа НДХ, у Крижевцима, 6. јул 1941.
Процењује се да је на територији Независне Државе Хрватске живело преко 30 % Срба. У току Другог светског рата, када је подручје некадашње Војне крајине потпало под контролу усташког Загреба, односно ушло у састав НДХ, решавање српског питања у Хрватској достигло је свој врхунац. У те четири ратне године 1941—1945. на територији НДХ убијено је преко 1.000.000 православних Срба, преко 400.000 Срба је прогнано (већином источно од реке Дрине), а 200.000 Срба православаца је покрштено, тј. преведено у католичку веру.[14]
У том периоду НДХ, Миле Будак усташки министар у влади НДХ, у Госпићу 22. јуна 1941. говори своју чувену реченицу:[15]
Један дио Срба ћемо побити, други раселити, а остале ћемо превести у католичку вјеру и тако их претопити у Хрвате.
Заправо то је у једној реченици и суштина решавања српског питања у Хрватској.[16]
Усташке власти у НДХ су имале велику помоћ Ватикана, а органзивали су велики број концентрационих логора смрти, где су на најмонструонзнији начин убијале на стотине хиљада Срба, Јевреја и Рома. У тим покољима је учествовало више од 2.000 фратара (католичких свештеника). Усташке власти су посебну пажњу усмериле на истребљењеСрпске православне цркве и свештенства СПЦ. У доба НДХ убијено је преко 200 свештеника СПЦ.[17][18][19]
Избацивањем Срба из Устава СР Хрватске крајем децембра 1990. године започело је коначно решавање српског питања у Хрватској. Нове „демократске” власти у Загребу које је предводио хрватски председник Фрањо Туђман, показале су јасно од самог почетка своје шовинистичке намере и антисрпски став.
[22]
Сретан сам што ми жена није ни Српскиња ни Жидовка.[23]
— др Фрањо Туђман, 1991.
Нека Срби иду из Хрватске у Србију али нека за собом понесу онолико земље колико су приликом доласка донели са својим опанцима.[24]
Започет је и медијски односно пропагандно-психолошки рат против свега што има везе са Србима и Југославијом. Убрзо је кренуо и рат, односно напад на касарне Југословенске народна армије и упад у српска села и насеља. Чак и тамо где није било рата Срби су били изложени великим притисцима, и претњама.[25]
Хрватске власти у Загребу ни до данас нису процесуирале многе хрватске војнике, полицајце и цивиле, учеснике рата, под изговором да Хрвати не могу да почине злочине. Још 1992. године је у Сабору изгласан „Закон о опросту”, који је све починиоце ратних злочинааболирао.[30]
^Термин „Власи” је кориштен за Словене који су дијелили начин живота (као сточари) са романским народима (Власи); кориштен је за Србе који су се населили у Војној крајини.[6][7][8][9] Хрватска националистичка историографија (укључујући усташку пропаганду[10]) тврди да досељеници нису били Срби него Власи; да Срби из Хрватске нису Срби.[9] Све јужнословенске етничке групе имају романску компоненту, иако нема доказа да су сви или већина Срба у Хрватској били влашког поријекла.[10] „Раци” је био још један термин који се користио за Србе.