Že leta 1906 so pričeli z načrti za gradnjo nove cerkve, saj stara, cerkev sv. Jerneja, ni več zadostovala potrebam župnije.
Toda gradnja se je začela šele potem, ko je leta 1924 Jože Plečnik naredil nove načrte. Ta gradnja je bilo prvo Plečnikovo naročilo po vrnitvi v Ljubljano. Ker sprva lokacija ni bila določena, je Plečnik želel cerkev zgraditi na vrhu Šišenskega hriba z monumentalnim dostopom. Frančiškani pa so kupili parcelo, ki je bila (tedaj) sredi njiv, danes pa se nahaja ob Verovškovi ulici. Notranji prostor je v obliki kvadrata, brez izrazite osi. Srednja ladja je poglobljena, obdaja jo stebrni obhod, namenjen procesijam. Monumentalni opečni stebri so odraz Plečnikovega klasičnega prepričanja. V notranjosti je pustil zelo malo prostora drugim oblikovalcem in ni bil naklonjen freskam, ki so jih narisali. Sam je načrtoval tudi večino opreme, vključno z oltarji in svetilkami.
Cerkev je bila leta 2001 razglašena za kulturni spomenik lokalnega pomena[3] in nato leta 2009 razglašena še za kulturni spomenik državnega pomena v sklopu Plečnikovih del.[4]
Septembra leta 2011 je bila izvedena prenova zvonov in njihove nosilne konstrukcije, saj sta zaradi dotrajanosti sistema delovala le še dva zvonova, konstrukcija iz hrastovega lesa pa je bila na nekaterih delih že trhla in zato nevarna. Cerkev ima 4 zvonove, 1 bronastega in 3 železne.[5][6]
