В рамках реструктуризации ЮТэйр в начале 2015 года авиакомпания прекратила полётную деятельность и другие авиационные работы. В июне этого же года сертификат эксплуатанта авиакомпании по запросу самой ЮТэйр-Экспресс аннулирован. Однако, несмотря на прекращение полётов, авиакомпания продолжает свою деятельность в виде управления аэропортом Варандей[2].
Авиакомпания была создана в декабре 2006 году путём реорганизации авиакомпании Комиинтеравиа, которая до этого была полностью выкуплена авиакомпанией ЮТэйр[3][4].
По итогам 2013 года авиакомпания «ЮТэйр-Экспресс» стала лучшим региональным авиаперевозчиком, получив премию «Крылья России» третий раз в данной категории[5]. В этом же году авиакомпания стала получать от ЮТэйр самолёты ATR 72-500[6].
В 2014 году в рамках реструктуризации ЮТэйр весь парк принадлежавших ранее ЮТэйр-Экспресс Ту-134, Ан-24 и Ан-26 был передан в Катэкавиа[источник не указан 3508 дней]. В марте 2015 года все ATR 72-500 возвращены обратно в ЮТэйр. В июне сертификат эксплуатанта ЮТэйр-Экспресс приостановлен. По словам руководства компании в случае перепрофилирования ЮТэйр-Экспресс может сохранить бизнес, но заниматься уже другим авиационным сервисом[7]. Так после аннулирования сертификата ЮТэйр-Экспресс продолжает управлять аэропортом Варендей[2].
Маршрутная сеть
Основной деятельностью авиакомпании являлось выполнение регулярных внутренних рейсов по России из аэропортов Сургута, Тюмени и московского аэропорта Внуково[8].
Чартерная программа авиакомпании состояла из перевозки вахтовых бригад на самолётах Ан-24 и Ту-134 из Уфы и других городов Приволжского федерального округа в отдаленные районы Крайнего Севера.
Флот
По состоянию на начало 2015 года флот авиакомпании состоял из следующих самолётов[9][10]:
До 2014 года авиакомпания также использовала самолеты Ту-134 и Ан-24. Также в 2014 году ожидалось поступление самолётов Sukhoi Superjet 100, однако заказ был отменён