В 1987 году был отстранён от должности главного режиссёра, на его место был избран М. А. Ульянов. Е. Р. Симонов покинул труппу театра и возглавил творческую часть (художественный руководитель) Театра Дружбы народов (с 1992 — Театр наций) и Центральный Дом работников искусств.
Выпуск Театрального училища им. Б. Щукина 1988 года (актёрско-режиссёрский курс Е. Р. Симонова) обрёл статус московского Театра-студии под руководством Е. Симонова. Недавние студенты на арендованных площадках играли спектакли. В 1993 году студия была переименована в Московский драматический театр п/р Е. Симонова (с 1995 — Московский драматический театр имени Рубена Симонова)[5].
Всего за свою жизнь поставил более 100 спектаклей по пьесам самых различных жанров.
Автор ряда пьес, некоторые из них были им поставлены. В числе написанных им пьес: «Алексей Бережной» (Театр им. Е. Вахтангова, 1962), «Новые знакомые» (Театр им. Е. Вахтангова, 1964), «Джон Рид» (Малый театр, 1967), «Смерть Павла I» (трагедия в стихах, Театр им. Р. Симонова, 1990), драматическая трилогия о трёх поэтах разных эпох — Средневековья, Возрождения и Современности.
Также автор ряда статей о Е. Вахтангове и вахтанговском методе, о проблемах современной драматургии и текущего репертуара, о театральной критике, о молодой режиссуре, литературных портретов актёров Малого и Вахтанговского театров.
Неизменный участник артистических вечеров, сочинитель капустников, вдохновенный оратор и чтец.
Отец — Рубен Николаевич Симонов (1899—1968), актёр, режиссёр театра и кино, педагог. Народный артист СССР (1946).
Мать — Елена Михайловна Берсенева (урождённая Поливанова), актриса Театра им. Е. Вахтангова.
Первая жена Лифанова Маргарита Ульяновна (1926—2007) — советская и российская актриса театра и кино. Заслуженная артистка РСФСР (1971). В этом браке рождён сын — Рубен Евгеньевич Симонов (род. 1953), театральный актёр и режиссёр. Заслуженный артист России (2012).
Вторая жена — Валерия Николаевна Симонова-Разинкова (1937—1980).
Дочь — Ольга Евгеньевна Симонова-Партан (род. 1960), актриса. Проживает в Бостоне, США. Профессор русской литературы и культуры.