Родился в Бомонте, штат Техас, США, в семье военного. Мать Джонни Винтера пела в квартете так называемых «парикмахеров» (см. en:Barbershop music) и в церковном хоре, и благодаря ей Джонни уже в пять лет начал учиться играть на кларнете, но быстро переключился на гавайскую четырехструнную гитару укулеле, а затем и окончательно на шестиструнную гитару.
В Бомонте маленький Джонни постоянно был окружён звуками настоящего негритянского блюза и госпелс, что не могло не отразиться на его музыкальных пристрастиях.
Первым успехом Джонни было выступление дуэтом с младшим братом Эдгаром, и это выступление транслировалось по местному телевидению. В 11 лет дуэт даже был прослушан в Нью-Йорке в Ted Mack’s Original Amateur hour, но, по словам самого Джонни Винтера, они были не готовы к выступлениям на таком уровне. Его брат Эдгар впоследствии сопровождал Джонни на протяжении всей карьеры.
Первой группой, которую создал Джонни Винтер была Johnny (Macaroni) and The Jammers, где он работал вместе с братом. В состав группы входили также Willard Chamberlain, Dan Polson, и Melvin Carpenter. В основном они исполняли песни известных авторов, таких как Мадди Уотерс, Би Би Кинг и Бобби Бланд. Однако на местной студии Dart Records им удалось записать сингл «School Day Blues b/w You Know I Love You», который считался местным хитом.
После школы Джонни поступил в технический колледж, и еженедельно ездил автостопом в Луизиану, где играл в маленьких ночных клубах. Через полгода он оставил обучение и посвятил себя музыке.
Есть известная[кому?] история о том, как в 1962 году Джонни вместе с братом отправились в один из клубов, чтобы послушать Би Би Кинга, где Джонни (кстати, будучи единственным с братом белыми в клубе) уговорил Би Би Кинга дать сыграть ему композицию. В конце концов, Би Би Кинг сдался (в том числе не без помощи зрителей) и счастливый Джонни сыграл на гитаре Би Би Кинга композицию «I was about 17».[источник не указан 1149 дней]
В течение 1960-х годов Джонни объездил весь юг США, выступая и записываясь с различными группами. Ему удалось записать ещё одну композицию под лейблом Atlantic Records, ставшую локальным хитом. Он приобрёл репутацию крепкого блюзмена и часто аккомпанировал как в студии, так и во время концертов, известным исполнителям блюза, таким как Gene Terry и его группы Kool cats и Down Beats, Rod Bernard, Junior Cole.
В 1967 году Джонни Винтер осел в Хьюстоне, где в конце 1968 года ему удалось записать свой первый полноценный альбом с «Дядюшкой» Джоном «Red» Тёрнером на барабанах и Томми Шэнноном на басу. Интерес к Джонни Винтеру был подогрет обзором техасской музыки в журнале Rolling Stone, где среди музыкантов Техаса Джонни был поставлен на второе место, после Джэнис Джоплин
В результате статьи Джонни Винтер превратился из музыканта с местной известностью в хедлайнера престижных клубов Нью-Йорка. Он выступал на многих фестивалях, включая Вудсток. Кроме того, он был приглашён Джоном Ленноном и Rolling Stones на известный концерт в Гайд-парке, который, собственно, и открыл Джонни Винтер, композицией «I’m Hers and I’m Yours».
Затем Джонни Винтер сформировал группу «Johnny Winter and», где вместе с ним играли Rick Derringer на гитаре, Randy Jo Hobbs на басу и Randy Z на барабанах. Последний был в 1970 году заменён Бобби Колдуэллом.
В 1970 году Джонни Винтер пропал со сцены, в связи с лечением от наркотической зависимости, но в 1973 году вернулся к работе.