Иль Агры на востоке граничит с Ираном, на севере — с илами Ыгдыр и Карс, на западе — с илами Муш и Эрзурум, на юге — с илами Ван и Битлис.
Северную часть района занимает хребет Агрыдаг (наивысшая точка — гора Кёксе, 3445 м), на северо-востоке, на границе с илом Ыгдыр — гора Арарат (5165 м).