В 2005 году начал работать в СДЮСШОР московского клуба «Смена», где до 2007 года занимал должность тренера-преподавателя. С 2007 по 2008 годы тренировал команду «Спасатель», с которой выступал на первенстве Московской области.
С 2009 года — в структуре клуба «Химки». Первоначально работал в СДЮСШОР, тренируя команду 1998 года рождения, затем вошёл в тренерский штаб фарм-клуба «Химки-М». Летом 2015 года стал ассистентом главного тренера команды Вадима Хафизова. С февраля по июль 2016 года был главным тренером «Химки-М»[1].
31 марта 2017 года воссоединился с Вадимом Хафизовым в саратовском «Соколе», выступавшем в ФНЛ. По окончании сезона клуб вылетел в ПФЛ, а Стукалов сменил Хафизова на посту главного тренера[2]. Под его руководством команда финишировала на 8-м месте группы «Центр». 5 декабря 2018 года по семейным обстоятельствам оставил пост[3].
14 января 2019 года возглавил «Велес». По итогам сезона 2019/20 клуб занял первое место в зоне «Запад» первенства ПФЛ и впервые в истории вышел в ФНЛ. 7 апреля 2021 года «Велес» объявил об отставке Стукалова, команда на тот момент занимала 8-е место в турнирной таблице[4].
Через два дня после этого, 9 апреля он был назначен главным тренером клуба «Уфа», выступавшем в Российской премьер-лиге[5]. Дебютную игру провёл 10 апреля против «Ахмата» в 25-м туре РПЛ (матч закончился победой «Уфы» со счётом 3:0)[6]. Сумел сохранить команде место в Премьер-лиге, финишировав на 13-м месте в турнирной таблице[7].
В последнем туре чемпионата 2021/22 в драматичном гостевом матче, по итогам которого одна из команд покидала премьер-лигу, «Уфа» обыграла «Рубин» 2:1. В стыковых матчах «Уфа» уступила «Оренбургу»: в первом матче «Оренбург» дома добыл ничью, проигрывая 0:2, а в ответной игре Андрей Малых забил победный гол на 90+4-й минуте, сделав счёт 2:1. Через два дня контракт со Стукаловым по согласию сторон был расторгнут[8].
27 июня 2022 года возглавил «Ротор»[9]. В сезоне 2022/23 во второй лиге клуб занял третье место в турнирной таблице, набрав 64 очка и отстав от первого места на восемь очков, а от второго на одно очко. В следующем сезоне «Ротор» попал в «Золотую группу» дивизиона А Второй лиги. 8 августа 2023 года, после неудачного старта (три ничьи и одно поражение), Стукалов покинул пост главного тренера «Ротор»[10].
