С этого времени депо «Невское» стало обслуживать ещё и третью линию. Эта работа была сверхплановой и из-за того, что в депо не могли поместиться все поезда, ночной отстой составов в массовом порядке производился на парковых путях и в тоннелях[2].
1 февраля 2000 года была введена в эксплуатацию первая очередь ТЧ-6 «Выборгское», и составы Правобережной линии были переданы туда.
В течение 2008 года в связи с предстоящим разделением линии «Комендантский проспект» — «Улица Дыбенко» на четвёртую и пятую в депо постепенно передавались составы из ТЧ-6 для работы на сокращённой 4-й линии, в то время, как само ТЧ-6 переходило на обслуживание 5-й линии. С начала передачи составов и до окончательного разделения линий 7 марта 2009 года совмещённая четвёртая линия обслуживалась обоими депо. С 1 июня 2019 года четвёртая линия была передана депо ТЧ-3 «Московское», но ПТО данной линии до 30 августа того же года был временно расположен на площадке электродепо «Невское».
В настоящее время ТЧ-5 обслуживает Невско-Василеостровскую линию.