В Московском метрополитене находится станция «Мякинино», не принадлежащая ГУП «Московский метрополитен», поскольку построена с участием частных инвестиций компании «Crocus Group» Араса Агаларова. Вместе с этим станция является первой в Московском метрополитене, находящейся в области[11].
По состоянию на 2017 год ГУП «Московский метрополитен» состоял из следующих подразделений и служб:
Руководство метрополитена
Служба пути
Проектно-конструкторское бюро
Ревизорский аппарат
Учебно-производственный центр
Служба пассажирских обустройств ДИ
Служба безопасности
Служба подвижного состава
Служба движения
Служба сигнализации, централизации и блокировки
Служба сбора доходов
Служба электроснабжения
Служба связи
Эскалаторная служба
Служба тоннельных сооружений
Электромеханическая служба
Служба энергоресурсов и развития энергосети
Ситуационный центр
Ситуационный центр метрополитена
1 мая 2005 года начал свою работу Ситуационный центр Московского метро[13]. В 2016 году Московский метрополитен начал реализацию проекта по созданию интеллектуальной системы видеонаблюдения и Центра обеспечения транспортной безопасности[14]. В октябре 2019 года года начал работу Единый диспетчерский центр, расположенный в здании бывшего кинотеатра «Ереван» на Дмитровском шоссе возле станции «Селигерская» Люблинско-Дмитровской линии. Новый центр в режиме реального времени ведёт обработку всех сигналов о чрезвычайных ситуациях, происходящих на территории метрополитена. Операторы центра принимают вызовы, поступающие с колонн экстренного вызова, установленных на большинстве станций, а также просматривают сигналы с камер видеонаблюдения[14][15].
1 января 2021 года был снят запрет на управление электропоездов женщинами[23], и с 3 января 2021 года в московском метро они, впервые спустя 40 лет[24] установления его в СССР[25], возобновили работу. Снятие запрета с января 2021 года по август 2023 года касалось только Филёвской линии, поскольку на ней эксплуатируются одни из самых на тот момент современных моделей поездов — «Москва» «первой модификации» (81-765.2/766.2/767.2) — в августе 2023 года запрет на управление электропоездов женщинами был снят для Некрасовской линии[26]. Пересмотр законов также связан с оснащением линий современным оборудованием[27][28]; незаконность запрета на управление электропоездом женщинами, дискриминирующего женщин в России, признана ООН[29].
Заведующий кафедрой Московского государственного университета путей сообщения Леонид Баранов, входивший в комиссию по расследованию крупнейшей катастрофы в Московском метрополитене за всю его историю[37][38][39], не согласен с официальной версией о её причинах[40], по которой поезд сошёл с рельсов из-за неправильного закрепления стрелочного перевода — трёхмиллиметровой проволокой[41][42], придерживаясь того, что имела место техническая неисправность — от подвагонного оборудования отвалился редуктор[43] (или иной металлический предмет[40]) и, столкнувшись со стрелочным переводом, заблокировал тележку[43][44], с чем также согласен представитель профсоюза, поставивший под сомнение способ закрепления стрелки трёхмиллиметровой проволокой[45]. В пользу этой версии, помимо прочего, говорят сколы от металлического предмета на шпалах, найденных в ста метрах от места катастрофы. Также, не соглашаясь с официальной версией, эксперты опровергают сам факт подвижности механизма стрелочного перевода извне, взаимодействие его с колёсами поезда и указывают на то, что из соображений безопасности в принципе невозможно закрепить стрелку проволокой[44]. Кроме того, по данным РБК, ГУП «Московский метрополитен» завышал стоимость подвижного состава при попытке возместить ущерб от схода поезда с рельсов[46].
В мае 2021 года СМИ сообщили о том, что ГУП «Московский метрополитен» увольняет сотрудников из-за того, что они зарегистрировались на сайте в поддержку Навального. На 15 мая было уволено не менее 40 человек. Работникам предлагают уволиться по соглашению сторон, а в случае отказа увольняют по статье за прогул. Депутат Мосгордумы от «Справедливой России» Михаил Тимонов назвал массовое увольнение антиконституционным деянием, которое «входит в противоречие в том числе с уголовным кодексом РФ, не допускающим дискриминацию». Независимый профсоюз ГУП «Московский метрополитен» сообщил, что намерен помогать уволенным сотрудникам[47]. Итогом стало восстановление 37 сотрудников с компенсациями простоя и морального вреда[48][49].
24 октября 2024 года стало известно о задержании заместителя начальника метрополитена Дмитрия Дощатова, подозреваемого в присвоении средств для покупки автомобиля Toyota RAV4, взяв два млрд рублей из трёх при строительстве, что сказалось на качестве новых станций[51].
В Московском метрополитене существует проблема нехватки машинистов (по словам председателя профсоюза работников Николая Гостева, 800 человек; из-за переработок взяли больничный 37 машинистов[52][53]), что сказывается на движении поездов по линиям — некоторые из поездов для снижения их парности начали отменять. Руководство метрополитена это опровергает[50]. Кроме того, по сообщениям профсоюза, наблюдается нехватка путевых обходчиков, а напряжённый график без выходных привёл к гибели 28-летнего начальника путевой части. Всё это руководством также опровергается[53].
.svg){kind=logo}
