Автобус, как общественный транспорт появился в Бийске в 1936 году. До Великой Отечественной войны в городе существовал только один маршрут, обслуживаемый автобусами ЗИС-8. Маршрут пролегал от железнодорожного вокзала (в те годы это была западная окраина города) до горкома партии (расположенного в указанные годы в районе улицы Фомченко).
В годы Великой Отечественной войны автобусного сообщения в городе не было — автобусы были мобилизованы.
В конце 1940-х годов в городе было восстановлено автобусное сообщение. В начале 1950-х годов, когда началось строительство комплекса предприятий оборонной промышленности к западу от города и Приобского района, автобусные маршруты были проложены от вокзала в западном направлении. В город поступили новые автобусы ЗИС-155 и ЛиАЗ-158.
В начале 1960-х годов в городе существовали две не связанных между собой автобусных системы: правобережная и левобережная. Объясняется это тем, что до 1964 года между левым и правым берегом Бии не было капитального моста, а движение автобусов по деревянному плавучему мосту летом и по льду зимой запрещалось. Правый берег обслуживала автоколонна 1244, а левый — автобаза «Турист». При этом на правом берегу, преимущественно, эксплуатировались автобусы ЛиАЗ-158В, а на левом — ЛАЗ-695 и ПАЗ-651.
После запуска в эксплуатацию Коммунального моста автобусные системы были объединены: маршруты из левобережной части были продлены до железнодорожного вокзала, рядом с которым была организована конечная станция городских автобусов с центральной диспетчерской. Ранее, основной конечной станцией в правобережной части была «Центр» (в историческом центре города), в левобережной — «Мост». После объединения автобусных систем зоны ответственности автотранспортных предприятий сохранились. В конце 70-х автобаза «Турист» перестала заниматься городскими перевозками, а все маршруты были переданы автоколонне 1244.
В 70-х годах в город начали поступать автобусы ЛиАЗ-677, а автобусы ЛАЗ и ПАЗ — сниматься с маршрутов. В 80-е годы в город стали поступать сочленённые автобусы Ikarus-280.
Интересный факт. Маршрут № 6 имеет тяжелый профиль дорожного полотна (проходит в нагорную часть города по Барнаульскому взвозу). Автобусы ЛиАЗ-677 в виду особенностей трансмиссии зачастую не могли преодолеть этот уклон. Поэтому на данном маршруте дольше всего проработали старые автобусы ЛиАЗ-158 и ЛАЗ-695 с механической трансмиссией. Позже на этот маршрут были выпущены автобусы «Ikarus».
В 1990-е годы наряду с автоколонной 1244 на городских маршрутах стали работать предприниматели, преимущественно на списанных с различных АТП автобусах ПАЗ-672. Была расширена маршрутная сеть. Финансовое состояние автоколонны 1244 было сложным — новые автобусы не закупались, однако были закуплены списанные в Австрии и бывшей ГДР автобусы MAN и Ikarus. Кроме того, на средства бюджета Алтайского края были приобретены три автобуса ЛиАЗ-5256 и четыре автобуса «Альтерна». Эти автобусы проработали не долго и были списаны. Примечательно, что два из четырёх автобусов «Альтерна» сгорели (что обусловлено дефектами конструкции), одни из них загорелся во время движения с пассажирами.
В конце 1990-х годов автоколонна 1244 была преобразована в одноимённое муниципальное предприятие.
В начале 2000-х годов произошло банкротство МУП «Автоколонна 1244». Часть имущества было передано во вновь образованную структуру МУП «Бийск-Межгород», а часть продана. После банкротства в 2005 году МУП «Бийск-Межгород» в городе не осталось муниципальных организаций, эксплуатирующих городские автобусы.
В 2009 году по федеральной программе были закуплены НефАЗ-5299, но потом они были проданы. Также эксплуатировались автобусы Youyi и Huaxia.
Парк городских автобусов Бийска сравнительно новый. Большинство машин выпущены в период с 2006 по 2013 годы, предпринимателями продолжается приобретение новых ПАЗ-4234. В 2007 году были списаны все автобусы Ikarus 280.
