Джонатан учился в школе Баррона Колльера в Нейплсе во Флориде в течение первых двух лет. Также он поступил в Международную школу Броварда в Холливуде. Позже присоединился к IMG Академии (Брейдентон). В старшем классе, когда команда IMG Академии установила рекорд по проценту выигранных игр (21 игру выиграла, 10 игр проиграла), его средние показатели за игру составили 17,6 очков и 10 подборов. Во время учебы в средней школе Джонатан вырос на 15 см за 4 года и перешел от позиции универсального защитника на позицию универсального форварда. Перед драфтом Айзек стал пятизвездочным рекрутом и вошел в список самых ожидаемых молодых баскетболистов под 12-м номером[1].
5 июля 2015 года Айзек подтвердил, что после окончания школы собирается учиться в университете штата Флорида. 5 февраля 2016 года он объявил о намерении заявить свою кандидатуру на драфт НБА 2016 года, для того, чтобы перепрыгнуть из средней школы в НБА впервые с 2005 года. Он также рассматривался, как кандидатура на выбор в середине или в конце первого раунда драфта[2]. Однако 4 дня спустя Айзек подтвердил, что не будет выставлять свою кандидатуру на драфт в 2016 году и уточнил, что собирается играть за университет штата Флорида в сезоне 2016—2017[3].
Студенческая карьера
Перед началом сезона 2016—2017 Айзек рассматривался в качестве номинанта на Награду Карла Мэлоуна[англ.]. 15 ноября во второй игре в сезоне он записал на свой счет 20 очков против колледжа Айоны. 20 ноября в игре против университета Детройта Айзек сделал свой первый дабл-дабл (14 очков и 10 подборов), а его команда победила со счетом 100-71. Приз новичка недели Джонатан получит за свою игру на протяжении недели с 15 по 20 ноября 2016 года. 18 января 2017 года в победной игре против университета Нотр-Дам Айзек набрал 23 очка, 10 подборов и рекордные для себя 7 блок-шотов. 8 февраля 2017 года Айзек забросил 21 очко в игре с университетом штата Северная Каролина. На протяжении всего сезона Айзек считался одним из лидеров команды наряду с Дуэйном Бэйконом and Хавьером Ратан-Мейесом, а команда поднималась до 6-го места в рейтинге студенческих команд США. На первенстве Конференции Атлантического побережья, Флорида Стэйт обыграла Политехнический университет Виргинии в четвертьфинале, но проиграла университету Нотр-Дам в полуфинале. В конце своего дебютного сезона Айзек был включен в сборную новичков Конференции Атлантического побережья 2017. Кроме того, Джонатан высказал пожелание отказаться от последующего выступления в студенческой лиге и выставить свою кандидатуру на драфт НБА 2017 года, на котором ему прочили участие в первом раунде[4]. Он стал вторым игроком (после Малика Бизли в 2016 году) в истории университета штата Флорида, который воспользовался правом перехода в НБА прямо со школьной скамьи.
В свой второй год в лиге Айзек стал основным игроком «Мэджик», сыграв 64 матча и показав высокие средние показатели по очкам, подборам, передачам и блокам за игру. 31 января 2019 года он набрал 13 подборов в победе над «Индиана Пэйсерс»[6]. 10 февраля он повторил свой карьерный рекорд - 5 блоков, а также 17 очков и 2 перехвата в победе над «Атланта Хокс»[7]. 12 февраля он набрал 20 очков в победе над «Нью-Орлеан Пеликанс»[8].
Айзек улучшил свой предыдущий карьерный рекорд по набранным очкам, набрав 24 очка в матче против «Торонто Рэпторс» 28 октября 2019 года[9]. 1 января 2020 года он получил травму левого колена во время матча против «Вашингтон Уизардс» и, как ожидалось, выбыл из строя на срок от восьми до десяти недель[10][11]. 2 августа Айзек получил разрыв левой передней крестообразной связки во время матча против «Сакраменто Кингз»[12]. 7 августа Айзек перенес успешную операцию по восстановлению порванной левой передней крестообразной связки и мениска и, как ожидалось, пропустит остаток сезона НБА 2019/20[13]. 31 августа президент команды «Мэджик» Джефф Уэлтман подтвердил, что Айзек также пропустит весь сезон 2020/21 из-за травмы[14].
15 марта 2022 года Уэлтман объявил, что Айзек пропустит остаток сезона НБА 2021/22 из-за травмы. Айзек еще не играл в течение сезона[15]. 22 марта Айзек получил небольшую травму правого подколенного сухожилия во время реабилитации и перенес хирургическую операцию[16].
10 января 2023 года Айзек был откомандирован в филиал «Мэджик» в Джи-Лиге всего на одну игру[17]. 23 января Айзек вернулся на площадку спустя более двух с половиной лет, набрав 10 очков, 3 подбора и 2 перехвата за 9 минут в победе над «Бостон Селтикс»[18]. 28 февраля во время тренировки в Милуоки Айзек почувствовал дискомфорт, а через день МРТ показала разрыв левой приводящей мышцы. 3 марта Айзек перенес операцию по устранению травмы[19].
3 июля 2024 года Айзек подписал новый пятилетний контракт с «Мэджик» на 84 млн долларов[20].