O Forte de Santo Inácio do Cabo Frio localizava-se numa ilhota rochosa (hoje aterrada) na barra do canal da lagoa de Araruama (hoje canal do Itajuru), na cidade de Cabo Frio, no litoral norte do estado brasileiro do Rio de Janeiro.
Durante a Dinastia Filipina (1580-1640), recrudesceu a presença de embarcações francesas, inglesas ou neerlenadesas, carregando pau-brasil ("Caesalpinia echinata") no local. Expedições portuguesas se sucederam em 1572-1573 e em 1575 reprimindo o contrabando e arrasando as feitorias na região (ver Feitoria Maison de Pierre).
Em 1614, armadores britânicos articularam-se com comerciantes portugueses, mamelucos paulistas e pilotos franceses, montando uma grande operação para o contrabando do pau-brasil na região do Cabo Frio. No início de 1615, Gondomar, o embaixador espanhol em Londres, denunciou essa articulação à sua Coroa, que por sua vez instruiu ao governador-geral do Brasil, D. Gaspar de Sousa (1613-1617), as providências para reforçar as defesas da Capitania de São Tomé e da região do Cabo Frio. A tarefa foi confiada ao governador e capitão-mor da Capitania do Rio de Janeiro, Constantino Menelau (1615-1617), que, à frente de tropas, se dirigiu à barra da lagoa de Araruama em Setembro de 1615. Ali encontrou cinco naus inglesas (neerlandesas cf. PIZARRO, 1945:111-112) carregando pau-brasil, apoiadas por um fortim de faxina (pedra e cal, cf. PIZARRO, 1945:111-112) com peças montadas, e na ponta da barra, uma casa com abóbada de pedra e cal, edificada por franceses anteriormente à expedição inglesa, e que dava ao lugar o nome de "Casa de Pedra". De acordo com o relato de Menelau, os ingleses, avisados da chegada das forças portuguesas, fugiram sem que pudessem ser acometidos, limitado-se os portugueses a incendiar-lhes a fortificação e algumas casas de madeira. Na ocasião foi encontrado muito pau-brasil cortado, na mata (HANSSEN, 1988:7115-116).
No regresso ao Rio de Janeiro, Menelau encontrou novas instruções do Governador-geral para que fosse ao Cabo Frio "fazer duas fortalezas e uma povoação para estorvo destes inimigos" (HANSSEN, 1988:116). É do Auto da fundação da povoação de Santa Helena, quese extrai:
O forte teria ficado guarnecendo-o com doze soldados. Para sustento do forte, determinou, no mesmo Auto, assentar uma aldeia de indígenas catequizados na ponta de Búzios. A pedido de Menelau, Estevão Gomes, dono de engenhos de açúcar no Rio de Janeiro, foi nomeado Capitão da Fortaleza de Santo Inácio "e (...) de todos os mais moradores que forem povoar." (CUNHA & LEITE, 1994:13-16)
Esta fortificação teve efêmera existência, sendo substituída a partir de 1618, pelo Forte de São Mateus do Cabo Frio.