Odbywał półtoraroczne stypendium Humboldta (1986–1988) w Max-Planck-Institut für ausländisches und internationales Strafrecht we Freiburgu pod kierownictwem profesora Albina Esera[7]. Przebywał również w tym instytucie na stypendiach w latach 1991–1992 oraz 2005, odbywał staż także na Uniwersytecie w Kolonii pod kierunkiem profesora Hansa Joachima Hirscha.
Został pracownikiem naukowym Katedry Prawa Karnego Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz Wyższej Szkoły Prawa i Administracji w Przemyślu. Wykładał również na Uniwersytecie Rzeszowskim (jako pracownik Zakładu Prawa Karnego i Postępowania Karnego). Obejmował na tych uczelniach stanowiska profesorskie. Pod jego kierunkiem stopień naukowy doktora uzyskała w 2003 Maria Szczepaniec[8].
Należy do Towarzystwa Naukowego Prawa Karnego. W latach 1978–1982 pełnił funkcję prezesa Towarzystwa Asystentów UJ. Od 1982 do 1985 był przedstawicielem pomocniczych pracowników naukowych w pierwszej Radzie Głównej Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Należy także do Krakowskiego Towarzystwa Przemysłowego. Był współzałożycielem Pierwszego Polsko-Amerykańskiego Banku w Krakowie. Został członkiem Komitetu Nauk PrawnychPolskiej Akademii Nauk w kadencjach 2007–2010, 2011–2014, 2020–2023[9].
Praktyka adwokacka
Od 1995 wykonywał czynnie zawód adwokata. Był obrońcą m.in. w dwóch procesach byłego prezesa PKN OrlenAndrzeja Modrzejewskiego (prawomocnie uniewinnionego) oraz pilota Henryka Serdy, oskarżonego w procesie dotyczącym akcji ratunkowej w stosunku do uczniów liceum z Tychów pod Rysami (również prawomocnie uniewinnionego). Reprezentował także Donalda Tuska i Hannę Gronkiewicz-Waltz w procesie o zniesławienie wytoczonym im z oskarżenia prywatnego przez byłych działaczy PO związanych z Pawłem Piskorskim[10]. Napisał również opinię prawną wskazującą, że nie można postawić Ryszardowi Krauze zarzutów karnych[11]. Był ponadto obrońcą m.in. byłego senatora Henryka Stokłosy[12]. Przygotował opartą na napisanym przez siebie artykule ekspertyzę dotyczącą wykładni jednego z przepisów kodeksu karnego na zlecenie kancelarii prawnej, reprezentującej m.in. Krzysztofa Popendę i Marka Dochnala[13].
Był również jednym z pełnomocników oskarżyciela posiłkowego PKP Polskie Linie Kolejowe w procesie przeciwko dyżurnym ruchu w związku z katastrofą kolejową pod Szczekocinami[14]. Został obrońcą Tomasza Komendy, który w 2018 został uniewinniony w postępowaniu wznowieniowym przez Sąd Najwyższy, a uprzednio spędził 18 lat w izolacji więziennej za niepopełnione przestępstwo[15]. W 2021 Sąd Okręgowy w Opolu przyznał reprezentowanemu przez niego Tomaszowi Komendzie 12 milionów złotych zadośćuczynienia i ponad 800 tysięcy złotych odszkodowania[16]. W 2021 za jego zaangażowanie w reprezentowanie Tomasza Komendy Towarzystwo Jana Karskiego przyznało mu Medal 75-lecia Misji Jana Karskiego[17].
Został współzałożycielem kancelarii adwokatów i radców prawnych „SPCG T. Studnicki, K. Płeszka, Z. Ćwiąkalski, J. Górski Spółka Komandytowa” z siedzibą w Krakowie[18]. 15 listopada 2007 w związku z objęciem funkcji publicznej zawiesił czasowo wykonywanie praktyki adwokackiej.
Według dokumentów IPN został zarejestrowany jako kandydat na tajnego współpracownikaSłużby Bezpieczeństwa w 1985[19]. Zbigniew Ćwiąkalski odmówił jakiejkolwiek propozycji współpracy, a sam fakt zarejestrowania powiązał z wyjazdem na półtoraroczne stypendium do RFN w 1986[20].
W okresie rządów PiS wypowiadał się krytycznie wobec działalności ministra sprawiedliwości Zbigniewa Ziobry.
Znalazł się wśród sygnatariuszy Ruchu na rzecz Demokracji, a także wszedł w skład komitetu honorowego Platformy Obywatelskiej w przedterminowych wyborach parlamentarnych. Nie należy do partii politycznej.
Jest żonaty z Marią, ma córkę Bogumiłę[23] i syna Piotra[24]. Mieszka w Krakowie. W 2004 Zbigniew Ćwiąkalski zagrał egzaminatora głównego bohatera w komedii Juliusza MachulskiegoVinci[25].
Publikacje
Nadzwyczajne złagodzenie kary w praktyce sądowej, 1982.
Kodeks karny. Komentarz (współautor), 1990.
Błąd co do bezprawności czynu w polskim prawie karnym, 1991.
Odznaczenia
Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski – 2011 (za wybitne zasługi w pracy naukowo-badawczej, za osiągnięcia w działalności dydaktycznej i społecznej)[26]
