Po przejściu do rezerwy w grudniu 1921 przeprowadził się do Warszawy i otrzymał stanowisko kierownika artystycznych Gmachów Reprezentacyjnych. W 1922 wygrał konkurs na projekt monet obiegowych. Równocześnie został członkiem komitetu redakcyjnego czasopisma „Grafika Polska” oraz zaczął nauczać w Szkole Sztuk Pięknych, gdzie zainicjował powstanie doświadczalnego warsztatu stolarskiego, który był zaczątkiem Towarzystwa Polskiej Sztuki Stosowanej (podobne Towarzystwo działało w Krakowie od 1901). Wkrótce po uruchomieniu warsztatu został kierownikiem artystycznym i jednym z projektantów w pracowni kilimów w Henrykowie. W 1923 otrzymał tytuł profesora Szkoły Sztuk Pięknych, a trzy lata później został współorganizatorem Spółdzielni Artystów Plastyków ŁAD. W 1928 został dyrektorem Departamentu Sztuki w Ministerstwie Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego, funkcję tę pełnił do 1930.
W 1934 rząd polski podjął decyzję o budowie dwóch transatlantyków, o ich wystroju miała decydować specjalnie powołana Podkomisja Artystyczna, której przewodniczącym został Wojciech Jastrzębowski. Rok później artysta został wybrany na prorektora Akademii Sztuk Pięknych, a od 1936 do wybuchu II wojny światowej był rektorem tej uczelni[2]. W 1939 znalazł się w Londynie, gdzie został rzeczoznawcą i kierownikiem artystycznym wystaw twórczości polskiej, które organizowało zlokalizowane w Londynie Ministerstwo Informacji i Dokumentacji. Od 1943 był prezesem Decorative Arts Studio, a od 1946 był wykładowcą w założonym przez Mariana Bohusz-Szyszko Polskim Studium Malarstwa i Grafiki Użytkowej.
W 1947 powrócił do Polski i rozpoczął współpracę z Biurem Nadzoru Estetyki Produkcji (późniejszy Instytut Wzornictwa Przemysłowego), w tym samym roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnegoAkademii Sztuk Pięknych w Warszawie. W 1951 został przewodniczącym Rady Naukowej Instytutu Wzornictwa Przemysłowego, funkcję tę pełnił do 1959. Równocześnie od 1953 przez pięć lat był przewodniczącym Rady Naukowej Akademii Sztuk Pięknych w Warszawie i rzeczoznawcą w Komisji Planowania Sztuk Plastycznych Rady Kultury i Sztuki[3]. W 1958 zaprojektował m.in. awers obiegowej monety 5-złotowej z wizerunkiem rybaka[4][5].
Wojciech Jastrzębowski był wszechstronnie uzdolnionym plastykiem, w ogromnej liczbie projektów jego autorstwa znajdują się obrazy, plakaty, afisze, ilustracje czasopism i książek, polichromie, kilimy, medale, projekty wnętrz, projekty pomników, witraże, metaloplastyka, projekty mebli, projekty monet (1924 i 1958), wzory neonów, organizacja plastyczna imprez, heraldyka, projekty znaczków pocztowych. Wielkim sukcesem była dla Jastrzębowskiego paryska wystawa światowa w roku 1925[7]. Zaprojektował też m.in. wnętrza gmachu Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego (1924) oraz wnętrza statków MS Piłsudski i MS Batory (1934–1936).
Sylwetkę twórczą Wojciecha Jastrzębowskiego zarysował w skrócie Maciej Masłowski w następujący sposób[9]:
[...]>>Jeden człowiek – nie, bo naprawdę trzech ludzi – artysta, wychowawca i działacz – wspierając się nawzajem radą i zręcznością ręki, doświadczeniem i pracą – stworzyło wspólnym solidarnym wysiłkiem wielką sprawę, której na imię Wojciech Jastrzębowski.<<[...]
Maciej Masłowski, "Z dziejów polskiej sztuki stosowanej. Wojciech Jastrzębowski (1884-1963)", 1961