W latach 1934–1939 pełnił obowiązki w charakterze kontraktowego nauczyciela w państwowym gimnazjum polskim oraz w szkole powszechnej w Bielsku. Po wkroczeniu wojsk niemieckich do Bielska i zamknięciu gimnazjum na podstawie dekretu 8 września 1939 został skierowany do pracy duszpasterskiej w parafii św. Antoniego w Chorzowie. W lipcu 1942 został skierowany do parafii Leszczyny i pracował na stanowisku administratora. Po trzyletniej pracy duszpasterskiej w 1945 został przeniesiony do parafii w Nowej Wsi-Wirku. Od października 1946 był administratorem parafii Najświętszego Serca Pana Jezusa w Koszęcinie. W czasie pracy w Koszęcinie uzyskał tytuł doktora na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Dekretem biskupa katowickiego z 6 października 1948 został przeniesiony do parafii św. Mikołaja w Lublińcu, a od 10 września 1951 został skierowany na posadę administratora do parafii św. Józefa w Katowicach-Załężu.
Zginął w wyniku obrażeń doznanych w wypadku samochodowym 22 stycznia 1986 w Przetocznicy (pęknięcie aorty). Pogrzeb hierarchy odbył się 27 stycznia 1986. Podczas prowadzonej przez Henryka Gulbinowicza mszy żałobnej homilię wygłosił ówczesny prymas Polski, kardynał Józef Glemp. Grób Pluty znajduje się w kruchciekatedrze gorzowskiej[3].
Przed katedrą w Gorzowie Wielkopolskim znajduje się jego pomnik[4]. W 2013 został otwarty Instytut Wilhelma Pluty w Gorzowie Wielkopolskim[5].
