Swoją karierę piłkarską Fischer rozpoczął w 1973 roku w klubie FC Zürich. W 1984 roku awansował do pierwszego zespołu i w sezonie 1983/1984 zadebiutował w jego barwach w pierwszej lidze szwajcarskiej. W zespole z Zurychu grał do końca sezonu 1986/1987.
Latem 1987 roku Fischer zmienił klub i przeszedł do FC Sankt Gallen. W sezonie 1992/1993 spadł z nim z pierwszej do drugiej ligi. Po roku gry w drugiej lidze Sankt Gallen wrócił do ekstraklasy. Fischer grał w Sankt Gallen do końca sezonu 1994/1995.
W 1995 roku Fischer wrócił do FC Zürich. W sezonie 1999/2000 zdobył z nim Puchar Szwajcarii. W 2003 roku zakończył karierę piłkarską w wieku 37 lat. W barwach FC Zürich rozegrał łącznie 302 ligowe mecze i strzelił w nich 5 goli.
W reprezentacji Szwajcarii Fischer zadebiutował 13 grudnia 1989 w przegranym 1:2 towarzyskim meczu z Hiszpanią, rozegranym w Santa Cruz de Tenerife. Od 1989 do 1990 rozegrał w kadrze narodowej 4 mecze, wszystkie towarzyskie.
Kariera trenerska
Po zakończeniu kariery piłkarskiej Fischer został trenerem. Początkowo pracował z juniorami FC Zürich. Następnie w latach 2007-2008 był asystentem Bernarda Challandesa w tym klubie. W 2010 roku został tymczasowym trenerem FC Zürich, a następnie zatrudniono go na tym stanowiskuna stałe. Pracował w nim do 2012 roku.
W styczniu 2013 roku Fischer został trenerem FC Thun. Pracował w nim do czerwca 2015 i wtedy też został zatrudniony w FC Basel. Zastąpił Paulo Sousę, który odszedł do Fiorentiny.
Bibliografia
Urs Fischer w bazie National Football Teams (ang.)