Wybuch II wojny światowej zastał duchownego na wakacjach, które spędzał w Polsce. Po aresztowaniu przez Niemców proboszcza bytońskiej parafii ksiądz Leon Nowakowski przejął jego obowiązki. 24 października 1939 roku został aresztowany przez gestapo w drodze na nabożeństwo różańcowe i przewieziony do Piotrkowa Kujawskiego. W nocy (31 października na 1 listopada 1939 roku) hitlerowcy wyprowadzili wszystkich więzionych księży i rozstrzelali w parku majątku Tabaczyńskich. Zwłoki pomordowanych pogrzebano w zbiorowej mogile za miastem.
Literatura dotycząca osoby bł. ks. Leona Nowakowskiego
Tomasz Kaczmarek: Błogosławiony ksiądz Leon Nowakowski. Włocławek: Wydaw. Duszpasterstwo Rolników, 2001. ISBN 83-88743-24-4. Brak numerów stron w książce