Moutinho pochodzi z regionu Algarve, z tamtejszego miasta Portimão. Urodził się w sportowej rodzinie – jego ojciec był piłkarzem, a matka koszykarką. Swoją piłkarską karierę zaczynał w małym klubie Portimonense SC. Jednak jeszcze jako 13-latek trafił do szkółki piłkarskiej jednego z najsłynniejszych klubów w kraju, Sportingu CP, słynącego z dobrej pracy z młodzieżą. W sezonie 2003/2004 był jednym z głównych ojców zdobycia przez młodzieżową drużynę Sportingu mistrzostwa Portugalii. Latem 2004 został przesunięty do pierwszej drużyny przez trenera José Peseiro. W Portugalskiej Superlidze zadebiutował 23 stycznia 2005 w wygranym 3:2 wyjazdowym meczu z Gil Vicente. Łącznie w sezonie 2004/2005 młody Portugalczyk zagrał w 15 meczach ligowych, w tym w 12 od pierwszych minut, a ze Sportingiem zajął 3. miejsce w lidze. Dobrze grał także w Pucharze UEFA i szerzej pokazał się światu w meczach 1/16 finału, wygranych z Feyenoordem Rotterdam. Wystąpił także w przegranym 1:3 finale z CSKA Moskwa i w 88. minucie spotkania został zastąpiony przez Hugo Vianę. Po sezonie otrzymał nagrodę "Najlepszego Debiutanta Roku" oraz "Najlepszego Pomocnika Roku".
W sezonie 2005/2006 Moutinho stał się już podstawowym zawodnikiem Sportingu. 16 grudnia uzyskał swojego pierwszego gola w lidze portugalskiej, w wygranym 2:0 wyjazdowym meczu z Naval 1º Maio. W Superlidze rozegrał wszystkie 34 mecze i wszystkie od pierwszych minut, a zdobył w nich łącznie 4 gole. Ze Sportingiem wywalczył wicemistrzostwo kraju. Od początku sezonu 2006/2007 trener Paulo Bento regularnie wystawiał piłkarza w podstawowym składzie. Moutinho miał podpisany kontrakt ze Sportingiem do 2010, a jego klauzula odejścia wynosiła 20 milionów euro.
Na początku lipca 2010 Moutinho odszedł do FC Porto za 11 milionów euro i środkowego obrońcę Nuno André Coelho. 24 maja 2013 został sprzedany do AS Monaco za 25 milionów euro[2].
W 2003 Moutinho był członkiem juniorskiej reprezentacji Portugalii U-17 na Mistrzostwa Europy Juniorów U-17. Portugalia była gospodarzem, a Moutinho poprowadził swoich rówieśników do wywalczenia tytułu Mistrza Europy.
W pierwszej reprezentacji Portugalii João Moutinho zadebiutował 7 września 2005 w zremisowanym 0:0 meczu z reprezentacją Rosji, rozegranym w ramach kwalifikacji do Mistrzostw Świata w Niemczech. Było to dzień po 19. urodzinach Moutinho. Wystąpił także 4 dni później w wygranym 5:0 meczu z Luksemburgiem.
W 2006 Portugalia tym razem była gospodarzem Młodzieżowych Mistrzostw Europy U-21 i członkiem kadry był właśnie Moutinho. Portugalia przegrała jednak mecze z Francją 0:1 i Serbią i Czarnogórą 0:2 i zaprzepaściła szanse na medal.
