Swoją karierę piłkarską Guedes rozpoczął w klubie SL Benfica, w którym podjął treningi w 2005 roku. W sezonie 2013/2014 awansował do zespołu rezerw Benfiki. 19 kwietnia 2014 zadebiutował w nich w drugiej lidze portugalskiej w przegranym 1:4 wyjazdowym meczu z rezerwami FC Porto. W sezonie 2014/2015 był już podstawowym zawodnikiem rezerw Benfiki. W trakcie sezonu awansował również do pierwszego zespołu. 4 stycznia 2015 zaliczył swój debiut w Primeira Liga w zwycięskim 3:0 wyjazdowym meczu z FC Penafiel, gdy w 90. minucie zmienił Limę. W sezonie 2014/2015 wywalczył z Benfiką mistrzostwo Portugalii oraz zdobył Puchar Portugalii i Superpuchar Portugalii. 26 września 2015 w domowym meczu z FC Paços de Ferreira (3:0) strzelił swojego premierowego gola w portugalskiej lidze. 25 stycznia 2017 roku przeszedł do Paris Saint-Germain za 30 milionów euro. 1 września 2017 roku został wypożyczony na rok do hiszpańskiej Valencii. Następnie wykupiony przez hiszpański klub a w 2022 roku sprzedany do angielskiego Wolverhampton.