Z dniem 15 lutego 1920 został komendantem naczelnym Straży Mazurskiej, działającej w sferze propagandy i agitacji do 12 lipca 1920. Następnie ponownie służył w macierzystym 6 pułku piechoty Legionów, w okresie pokoju stacjonującym w garnizonie Wilno. Został awansowany do stopnia majora ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919[3][4]. W 6 pp Leg. był dowódcą kompanii, dowódcą batalionu (przez dwa lata) i pełniącym obowiązki zastępcy dowódcy pułku[5][6]. 3 maja 1926 roku został awansowany na podpułkownika ze starszeństwem z dniem 1 lipca 1925 roku i 20. lokatą w korpusie oficerów piechoty[7][8]. Następnie został przeniesiony do kadry oficerów piechoty z równoczesnym przeniesieniem służbowym do Ministerstwa Skarbu. 29 listopada 1927 roku został wyznaczony na stanowisko zastępcy dowódcy 60 pułku piechoty wielkopolskiej w Ostrowie Wielkopolskim[9][10][11][12]. 23 sierpnia 1929 roku otrzymał przeniesienie do 19 pułku piechoty Odsieczy Lwowa we Lwowie na stanowisko zastępcy dowódcy pułku[13]. 31 marca 1930 roku został przeniesiony do Korpusu Ochrony Pogranicza na stanowisko dowódcy Batalionu KOP „Hoszcza”[14][15]. Z dniem 30 czerwca 1934 roku został przeniesiony w stan spoczynku[16].
Działalność polityczna i społeczna
Obchody Święta Narodowego 3 Maja w Rzeszowie w 1935 roku – prezydent Rzeszowa Jan Niemierski na trybunie honorowej trzeci z prawej.
3 stycznia 1935 Rada Miasta Rzeszowa wybrała Jana Niemierskiego na urząd prezydenta Rzeszowa[17][18]. Prezydent elekt J. Niemierski wraz z wiceprezydentem elektem Piotrem Więckiem złożyli przysięgę w Urzędzie Wojewódzkim we Lwowie 11 lutego 1935[19]. Został potwierdzony na tym stanowisku przez ministra spraw wewnętrznych w lutym 1935[20]. W Radzie Miasta Rzeszowa 28 marca 1935 został przewodniczącym Komisji Ogólnej[21]. Przed wyborami parlamentarnymi do Sejmu RP w 1935 został mianowany komisarzem wyborczym w okręgu wyborczym nr 78[22][23]. W marcu 1936 minister spraw wewnętrznych zatwierdził go na stanowisko prezydenta miasta Rzeszowa na okres 10-letni[24]. Został działaczem Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem. 6 marca 1935 został członkiem „Radzieckiego Klubu Gospodarczego” Bezpartyjnego Bloku Współpracy z Rządem w Radzie Miasta Rzeszowa[25] i pozostawał nim w dalszym czasie[26]. Był delegatem Rzeszowa do Związku Miast Polskich[27], w 1937 wybrany członkiem zarządu ZMM[28] i pełnił tę funkcję do 1939[29]. W lipcu 1935 został mianowany komisarzem wyborczym okręgu nr 78[30]. Reskryptem z 21 września 1935 jako przedstawiciel miasta Rzeszowa został wybrany na członka Lwowskiej Rady Wojewódzkiej[31][32]. W czerwcu 1937 Jan Niemierski został członkiem zarządu okręgu rzeszowskiego Obozu Zjednoczenia Narodowego[33]. W grudniu 1938 objął kierownictwo organizowanego oddziału OZN w Rzeszowie[34]. Na przełomie czerwca i lipca 1938 wojewoda lwowski Alfred Biłyk oświadczył prezydentowi Niemierskiemu utratę do niego zaufania, wskutek „mało przychylnego ustosunkowania się do władz miejscowego OZON-u” i „niepokoju wniesionego do miejscowej KKO” oraz zasugerował mu rezygnację z urzędu, co Niemierski odrzucił; następnie Rada Miasta Rzeszowa uchwaliła wotum zaufania dla prezydenta, po czym został wydany odgórnie reskrypt zawieszający go w urzędowaniu, w wyniku czego władzę w Rzeszowie objął dotychczasowy wiceprezydent miasta[35].
W Rzeszowie Jan Niemierski działał społecznie: 16 lutego 1935 został członkiem zarządu Obwodu Powiatowego Ligi Obrony Powietrznej i Przeciwgazowej[36], w 1935 pełnił funkcję przewodniczącego rady Komunalnej Kasy Oszczędności w Rzeszowie[37], był kierownikiem oddziału Ligi Morskiej i Kolonialnej (wiceprezesem był płk Stanisław Siuda, dowódca stacjonującego w mieście 17 pułku piechoty)[38][39][40][41], prezesem Towarzystwa Oświaty Zawodowej[42], 19 kwietnia 1936 został wybrany przewodniczącym zarządu Towarzystwa Szkoły Rzemiosł[43], 22 kwietnia 1936 został przewodniczącym zarządu komisarycznego zarządu powiatowego Związku Strzeleckiego[44], przewodniczył Towarzystwu Rozwoju Ziem Wschodnich[45][46], Radzie Chrześcijańskiej Gminy miasta Rzeszowa[47][48].