W 1943 został powołany do Korpusu Lotniczego U.S. Army. Otrzymał przydział do formowanej w Greensboro Training Center orkiestry o wyłącznie czarnym składzie. Poprowadził ją Dave Burns trębacz, kompozytor, aranżer i edukator, który dokształcał go muzycznie[3]. W 1946 wyszedł z wojska i jako saksofonista tenorowy dołączył do nowatorskiego, bebopowego big-bandu Dizzy’ego Gillespie’ego, którego członkami byli m.in. pianista Thelonious Monk i wibrafonistaMilt Jackson. Z czasem połączyła go z Gillespie’em przyjaźń trwająca do końca życia bandlidera[1]. Słynny trębacz został także jego mentorem[2]. Tak z humorem wyrażał się o swoim „uczniu”: „Gdy gram z Jamesem Moodym, to jakbym grał ze sobą”[6]. W orkiestrze Gillespie’ego występował przez dwa lata[1].
W 1948 dokonał dla wytwórni Blue Note swoich pierwszych nagrań w długiej karierze muzyka studyjnego. Zarejestrował swój debiutancki album James Moody and His Bop Men, grając na saksofonie i flecie. Był jednym z pierwszych znaczących flecistów jazzowych[4]. W 1949 wyjechał do Paryża, twierdząc, że w Stanach Zjednoczonych „przestraszył go rasizm”[7]. W rzeczywistości wyprawa do Francji i pobyt u mieszkającego tam wujka miały mu pomóc w zmaganiach z alkoholizmem[4]. W Europie pozostał trzy lata, przezwyciężając nałóg i prowadząc aktywną działalność muzyczną. Jeszcze w 1949, przebywając w Sztokholmie, nagrał utwór oparty na strukturze harmonicznej popularnej piosenki I’m in the Mood for Love[4]. Instrumentalne nagranie było w istocie improwizacją, w efekcie której powstała zupełnie nowa melodia. Zagrał ją nie na saksofonie tenorowym, lecz na pożyczonym altowym[2]. Mimo że nagrany utwór tylko w niewielkim stopniu przypominał oryginalną piosenkę, zyskał w 1951 pewną popularność[4]. W 1952 stał się przebojem, gdy wokalista Eddie Jefferson dopisał do jego improwizacji tekst i nagrał ją jako utwór pt. Moody’s Mood for Love. Z czasem tytuł ów stał się standardem, wykonywanym przez takich wokalistów jak Van Morrison, George Benson, Aretha Franklin, Take 6, Queen Latifah i Amy Winehouse[6].
W 1952 powrócił do Stanów Zjednoczonych, żeby zrealizować kontrakt nagraniowy z wytwórnią Prestige. Sformował także orkiestrę, towarzyszącą występom wokalisty Brooka Bentona, z którą odbył tournée po Stanach Zjednoczonych. Wówczas jeszcze grał ze słuchu, ale członek jego zespołu, puzonista i absolwent Juilliard School – Tom McIntosh nauczył go czytać nuty i zapoznał z podstawami teorii muzyki. Moody miał do siebie duży dystans i duże poczucie humoru. Często żartował, że „flet nie służy mu do grania, tylko do trzymania”[4]. Muzycy podziwiali go za „biegłość instrumentalną, nieokiełznaną wyobraźnię i oddanie muzycznemu rzemiosłu”[4]. Natomiast publiczność bardzo go lubiła za swobodę estradową, niekiedy graniczącą z komizmem, żarty oraz oryginalną wokalistykę, której charakterystyczną cechą było to, że seplenił[4]. Ponadto na jego wyraźne życzenie nikt nie zwracał się do niego inaczej niż „Moody”[4].
W drugiej połowie lat 50. prowadził także septet, który grał nowoczesny jazz z elementami rhythm and bluesa. W 1958 występował w Filadelfii. W klubie, w którym grał, wybuchł pożar. Wraz z zespołem stracił w nim cały sprzęt, łącznie z instrumentami, kostiumy i wszystkie partytury[4]. Wtedy ponownie sięgnął po alkohol, ale tym razem terapię odwykową odbył w szpitalu psychiatrycznym Overbrook w miejscowości Cedar Grove w stanie New Jersey[4]. Po półrocznym pobycie wyjście z zakładu uczcił skomponowaniem i nagraniem utworu Last Train from Overbrook, jednego z jego najbardziej znanych.
Później wrócił do Gillespiego i grał w jego kwintecie od 1963 do 1968[1]. W latach 70. osiadł w Las Vegas i porzucił jazz dla muzyki rozrywkowej. Grał w tamtejszych orkiestrach hotelowych, akompaniując m.in. Elvisowi Presleyowi, pianiście–showmanowi Liberace, piosenkarzowi countryGlenowi Campbellowi, aktorowi–komikowi Miltonowi Berle’emu i duetowi Ike & Tina Turner[7]. Zrobił to, gdyż jak powiedział: „Chciałem być prawdziwym ojcem i uczestniczyć w dorastaniu mojej córki”[4]. Po siedmiu latach pobytu w Las Vegas i rozwodzie powrócił na Wschodnie Wybrzeże i do jazzu. W 1970 sformował w Nowym Jorku swój nowy kwintet[2].
W latach lat 80. regularnie koncertował z formacjami – Dizzy Gillespie Alumni All-Stars oraz Dizzy Gillespie All-Star Big Band. W 1986 jako członek Philip Morris Superband wziął udział w wielkim tournée razem z takimi muzykami, jak organista Jimmy Smith, gitarzysta Kenny Burrell, perkusista Grady Tate, wokalistka Barbara Morrison, kontrabasista Niels-Henning Ørsted Pedersen, saksofonista Jimmy Heath, puzonista Slide Hampton i pianista Monty Alexander. Trasa, składająca się z osiemnastu koncertów, trwała miesiąc i obejmowała cztery kraje: Australię, Filipiny, Japonię i Kanadę. W 1989 przeprowadził się z nową żoną do San Diego. Występował jako lider własnych grup lub członek zespołów gwiazd (All-Stars).
W 1997 pojechał do rodzinnego Savannah, żeby zagrać epizod w filmie Clinta EastwoodaPółnoc w ogrodzie dobra i zła[8]. Wcielił się w postać wytwornego portiera kancelarii adwokackiej, Williama Glovera, który codziennie wyprowadzał na spacer ducha psa nieżyjącego pracodawcy[7].
W swoim środowisku był muzykiem bardzo szanowanym i lubianym. W 1995 zorganizowano w nowojorskim klubie Blue Note huczne obchody jego siedemdziesiątych urodzin[3]. Wytwórnia Telarc wydała z tej okazji płytę Moody's Party z nagraniami jubileuszowych koncertów. Natomiast wiosną 2000 czczono jego siedemdziesiąte piąte urodziny na kolejnej niezwykłej imprezie. Tym razem zorganizowano w Avery Fisher Hall w Nowym Jorku wielki koncert Lincoln Center Jazz Orchestra z udziałem m.in. wybitnych „absolwentów” Gillespiego[3]. Swoją obecnością na scenie uhonorowali go także tacy słynni artyści, jak Slide Hampton, wokaliści Jon Hendricks, Annie Ross i Janis Siegel, trębacz Jon Faddis, pianista Kenny Barron i aktor Bill Cosby[3].
2 listopada 2010 jego żona, Linda McGowan, wystąpiła z oświadczeniem, że mąż ma raka trzustki, ale nie zdecydował się na intensywną terapię. Po leczeniu paliatywnym zmarł miesiąc później wskutek powikłań wywołanych chorobą[1]. Miał 85 lat. Został pochowany na cmentarzu Greenwood Memorial Park w San Diego[9].
Małżeństwa
Był trzykrotnie żonaty. Dwa razy się rozwodził. Z drugą żoną, Margeną, miał córkę Michelle[4]. W kwietniu 1989 ożenił się po raz trzeci[3]. Jego wybranką została Linda Peterson McGowan[5]. Drużbą był Dizzy Gillespie, który podczas uroczystości zagrał państwu młodym utwór Con Alma[3]. Niedługo po ślubie nagrał zadedykowaną żonie płytę Sweet and Lovely[3]. Małżonkowie przeżyli ze sobą dwadzieścia jeden lat. Był ojczymem trzech synów Lindy McGowan: Patricka, Regana i Danny’ego.