Jagiellonia Białystok w okresie międzywojennym oraz aż do sezonu 1974/75 (włącznie) kończyła rozgrywki organizowane przez PZPN o Puchar Polski na szczeblu okręgowym. Jagiellonia Białystok po raz pierwszy wystąpiła w finale rozgrywek o Puchar Polski w sezonie 1988/89 przegrywając 2:5 (1:3) z Legią Warszawa. W sezonie 2009/10 po raz pierwszy zdobyła Puchar Polski w finale rozegranym na stadionie w Bydgoszczy gdzie pokonała 1:0 (0:0) Pogoń Szczecin.