Hernández karierę rozpoczynał w 1954 roku w zespole CD Oro. W 1956 roku wywalczył z nim wicemistrzostwo Meksyku. W Oro występował przez cztery lata, a potem przeszedł do Chivas de Guadalajara. W ciągu ośmiu lat gry dla tego klubu, sześć razy zdobył z nim mistrzostwo Meksyku (1959, 1960, 1961, 1962, 1964, 1965), a także raz Puchar Meksyku (1963). W 1966 roku odszedł do Jabatos Nuevo León, gdzie rok później zakończył karierę.