W 1603 r. przeniósł się do Limy, gdzie wstąpił na Universidad Nacional Mayor de San Marcos. W 1605 r. zakończył karierę sędziowską i zdecydował się przyjąć święcenia kapłańskie. W 1612 r. był kandydatem do obsadzenia biskupstwa panamskiego, jednak ostatecznie rok później został ordynariuszemQuito – 13 lipca 1613 r. Rządy w diecezji objął 6 stycznia 1615 r.
15 czerwca 1616 r. został przeniesiony przez papieżaPawła V na urząd arcybiskupa metropolity bogockiego. uroczysty ingres do katedry w Bogocie odbył 7 stycznia 1618 r.
W 1630 r. został przeniesiony do archidiecezji limskiej. Spotkał się z pewną niechęcią, dlatego jego intronizacja została opóźniona i odbyła się dopiero 14 stycznia 1630 r. Z tej okazji urządzono uroczysty bankiet, podczas którego zgromadzonym gościom podano 64 różne potrawy.
Arcybiskup Arias de Ugarte dokonał szczegółowej wizytacji kościołów podległych jego jurysdykcji. 27 stycznia 1636 r. rozpoczął obrady synodu diecezjalnego, który trwał do 1637 r.
Zmarł w 1638 r. w Limie, w wieku 76 lat. W pamięci ówczesnych zapisał się jako prosty i troskliwy człowiek, dbający o Indian.
Mendiburu, Manuel, Diccionario histórico-biográfico del Perú. Parte primera que corresponde a la época de la dominación española, t. 2, Lima 1874.
Alberto Tauro: Enciclopedia ilustrada del Perú. Síntesis del conocimiento integral del Perú, desde sus orígenes hasta la actualidad. Wyd. 3. T. 2. Lima, Peru: PEISA, 2001. ISBN 978-9972-40-149-7. OCLC48243862. (hiszp.). Brak numerów stron w książce
.jpg)
