Carafa urodził się 17 marca 1615 roku w Castelvetere (dzisiejsza Caulonia)[1][2] w Kalabrii we Włoszech. Jego rodzicami byli Girolamo Carafa, książę Roccella oraz Diana Vittori, siostrzenica papieża Pawła V. Jego bratem był kardynał Carlo Carafa della Spina[3].
Gregorio został wpisany do Zakonu w wieku 3 miesięcy, w czerwcu 1615 roku. Studiował w Neapolu, różni dygnitarze i rycerze Zakonu finansowali jego edukację. W roku 1635 wyjechał wraz ze swoim wujem, Francesco Carafą, Przeorem Generalnym Roccella, do Katalonii. Wkrótce awansował na Rycerza Wielkiego Krzyża Zakonu, a po śmierci swego wuja został Przeorem Generalnym Roccella[4].
W roku 1647 zaangażowany był w rewoltę Masaniello, podczas której próbował przywrócić spokój i porządek w Neapolu. Po poskromieniu rebeliantów, wysłany został do Kalabrii, aby i tam stłumić powstanie. Te dokonania legły u podstaw jego awansu na dowódcę floty Zakonu[4].
Po zwycięskiej bitwie został powitany na Malcie jak bohater. Później zajął się, z sukcesem, odzyskaniem terenów podmokłych w Bormla oraz wzmocnieniem floty Zakonu[4].
W dniu 2 maja 1680 roku, po śmierci Nicolasa Cotonera, Gregorio Carafa został wybrany Wielkim Mistrzem Zakonu. Jeszcze w tym samym roku pokrył koszty odrestaurowania Zajazdu Włoskiego. Jego fasada została przebudowana w stylu barokowym, a brązowe popiersie Carafy umieszczone zostało w widocznym miejscu ponad frontowym wejściem do budynku. Obok popiersia wyrzeźbiony został też osobisty herb Carafy[6].
Od roku 1681 Carafa, kontynuując prace swojego poprzednika, poświęcił się ukończeniu budowy fortyfikacji Floriany i Cottonera Lines. Kontynuował umacnianie i przebudowę Fortu Saint Angelo, dodając cztery baterie u jego podnóża. Prace te nadzorował naczelny inżynier króla Hiszpanii, pułkownik Don Carlos de Grunenbergh[7]. Upamiętnia to płyta z nazwiskiem Carafy, umieszczona ponad głównym wejściem do fortu, z tarczą herbową architekta poniżej.
Podczas rządów Gregorio Carafy flota Zakonu była u szczytu swej potęgi, z galerami dowodzonymi przez Rycerzy Zakonu, oraz doświadczonymi załogami. W tym czasie miało miejsce kilka udanych wypraw wojennych przeciw Imperium Osmańskiemu. W roku 1683 cesarz Leopold skierował bardzo pochlebny list do Wielkiego Mistrza, dziękując mu za starania, mające na celu ochronę chrześcijaństwa[7]. W roku 1687 osiem galer Zakonu, pod dowództwem hrabiego Herbersteina, Wielkiego Przeora Węgier, znacząco przyczyniło się do ostatecznego usunięcia Turków z Adriatyku[7]. W tym samym roku Carafa, obawiając się tureckiego odwetu, wzmocnił Fort Saint Elmo, dobudowując na brzegu dokoła fortecy ciąg fortyfikacji, znany jako Carafa Enceinte[8].
Nieudana próba oblężenia Negropontu przez siły sprzymierzone, podczas którego Zakon stracił wielu wspaniałych Rycerzy i odważnych żołnierzy, była przyczyną śmierci Wielkiego Mistrza. Został on zaatakowany przez ostrą i złośliwą gorączkę, w następstwie której zmarł 21 lipca 1690 roku[7]. Pochowany został w kaplicy Języka Włoskiego w katedrze św. Jana w Valletcie[9].