Jest wychowankiem CSKA Sofia. Kiedy w wieku dwudziestu trzech lat odchodził z klubu ze stolicy kraju miał na swoim koncie trzy tytuły mistrza, cztery Puchary oraz trzydzieści sześć goli strzelonych w ekstraklasie.
Dobrą passę kontynuował za granicą, w FC Porto, gdzie występował przez pięć lat. Do wcześniejszych wyników dołączył dwa mistrzostwa Portugalii. Apogeum swoim piłkarskich możliwości osiągnął w ciągu półtorarocznej przygody z Bayernem Monachium, podczas której jako drugi (po Christo Stoiczkowie) Bułgar w historii sięgnął po europejskie trofeum (Puchar UEFA). Od czasu rozstania w 1996 roku z Bayernem występował z mniejszymi sukcesami w Turcji, Meksyku, a na koniec swojej piłkarskiej kariery powrócił do CSKA.
Kostadinow w czasie swojej reprezentacyjnej przygody strzelił dwadzieścia sześć goli, ale jednymi z najważniejszych[1] były te zdobyte 17 listopada1993 roku w spotkaniu eliminacyjnym do mundialu 1994 z Francją; jego dwie bramki zapewniły zwycięstwo 2:1 i bezpośredni awans do turnieju. Po tym meczu francuska prasa nazwała go "Świętym Emiłem"[2], a on sam niedługo potem został wybrany na najlepszego piłkarza Bułgarii w roku 1993. Występował w kadrze aż do 1998 roku. Po nieudanym Mundialu 1998, podobnie jak kilku innych kolegów pamiętających poprzedni turniej, postanowił pożegnać się z drużyną narodową.
Sukcesy piłkarskie
mistrzostwo Bułgarii 1987, 1989 i 1990 oraz Puchar Bułgarii 1985, 1987, 1988 i 1989 z CSKA Sofia
mistrzostwo Portugalii 1992 i 1993 oraz Puchar Portugalii 1991 z FC Porto
wicemistrzostwo Niemiec 1996 oraz Puchar UEFA 1996 z Bayernem Monachium
Po zakończeniu kariery piłkarskiej został członkiem zarządu CSKA Sofia. Przed rozpoczęciem sezonu 2008–2009 pojawiły się informacje, że zastąpi Aleksandyra Tomowa na stanowisku prezesa klubu[3], jednak ostatecznie Tomow zachował stanowisko.
↑Kostadinow twierdzi: "Nie tylko ja uważam, że dzień 17 listopada1993 roku wiele zmienił w bułgarskim futbolu. Wtedy zaczęła się ta wyjątkowa passa naszych sukcesów.", W: "Święty". Rozmowa Tani Wasilewej z Emiłem Kostadinowem. Piłka Nożna Plus, nr 9/1998, s.5. Zobacz także: Mecz piłkarski Francja-Bułgaria, 17 listopada 1993.
