Klub założony został 17 maja1936 roku przez pracowników Ayuntamiento (ratusza) miasta Gwatemala i stąd nazwa klubu. Do najwyższej ligi Liga Capitalina (liga stołeczna – do momentu utworzenia ogólnonarodowej ligi gwatemalskiej mistrz tej ligi był jednocześnie mistrzem Gwatemali) Municipal awansował w 1938 roku. W swoim debiucie klub zajął drugie miejsce. Municipal aż do dziś nie spadł do niższej ligi, dzięki czemu jest klubem, który gra najdłużej w pierwszej lidze gwatemalskiej bez spadku.
Ogólnonarodową ligę Municipal wygrał w sezonie 1942/43. Z sześciu następnych mistrzostw piłkarze klubu wygrali trzy. Pozostałe wygrał ich największy wtedy rywal – klub Tipografía NacionalGwatemala. Trenerem klubu Municipal był wtedy Manuel F. Carrera, jeden z założycieli klubu, którego imieniem nazwano stadion używany dziś jako treningowy.
Do roku 1955 najwyższym piłkarzem w historii klubu był napastnik Carlos „Pepino” Toledo, który w ogromnym stopniu przyczynił się do zdobycia przez klub czterech tytułów mistrza kraju (ostatni w sezonie 1954/55 – ostatnim przed zakończeniem kariery). Toledo był pierwszym piłkarzem znanym w całej Gwatemali, podporą reprezentacji narodowej. W swojej karierze zdobył dla Municipal 129 bramek (4 miejsce w historii klubu). Później także był związany z klubem, ale już jako trener.
W końcu lat 50. pojawił się w futbolu nowy wielki klub, Comunicaciones, który trzy razy z rzędu został mistrzem Gwatemali. Był to bardzo mizerny okres dla klubu Municipal, który aż 8 lat musiał obejść się bez tytułu. W latach sześćdziesiątych Municipal zdobył mistrzostwo w sezonach 1963/64, 1965,66 i 1969/70. W przerwach po tytuł sięgał wtedy inny klub ze stolicy – Aurora, stając się obok klubu Comunicaciones głównym rywalem klubu Municipal. Dawna potęga, klub Tipografía Nacional znikała wówczas ze sceny, na której wielkie boje toczyły ze sobą Municipal i Comunicaciones, który w latach 1956–1972 zdobył 7 spośród 14 możliwych tytułów mistrza Gwatemali. Odtąd mecze z udziałem tych klubów są największym ligowym wydarzeniem kraju.
Lata siedemdziesiąte
Począwszy od roku 1973Municipal, prowadzony przez urugwajskiego szkoleniowca Rubéna Amorína, sięgnął po największe sukcesy w swoich dziejach. Amorín, mając pod swoją pieczą grupę takich piłkarzy jak obrońca Alberto López Oliva, pomocnicy Benjamín Monterroso i Emilio Mitrovich, oraz napastnik Julio César Anderson (który był najlepszym w historii klubu strzelcem do roku 2000, kiedy to przegonił go Juan Carlos Plata), sięgnął w roku 1974 po pierwszy sukces międzynarodowy – Copa Fraternidad, a zaraz potem, w tym samym roku po jeszcze większe osiągnięcie – Puchar Mistrzów CONCACAF (jako pierwszy klub gwatemalski). Dzięki temu Rojos otrzymali szansę gry o miano najlepszej ekipy klubowej obu Ameryk – Copa Interamericana. Przeciwnikiem był zdobywca Copa Libertadores słynny argentyński klub IndependienteBuenos Aires. W pierwszym meczu na własnym na stadionie Estadio Mateo Flores goście wygrali dzięki bramce Ricardo Bochiniego. W Buenos Aires doszło do sensacji, gdyż w normalnym czasie, dzięki zdobytej w 50 minucie bramce urodzonego w Argentynie Mitrovicha, Municpial wygrał 1:0 doprowadzając do dogrywki, która nie przyniosła jednak rozstrzygnięcia i doszło do rzutów karnych. Po tym, jak Andersson trafił w poprzeczkę a strzał Monterroso obronił bramkarz rywali, Independietne wygrał karne w stosunku 4:2.
Lata osiemdziesiąte
Po wygraniu ligi w 1976 roku oraz Copa Fraternidad w 1977 roku, nastąpił najgorszy okres w historii klubu. W roku 1981 doszło do tego że Municipal grał w turnieju barażowym o utrzymanie się w lidze. Ostatecznie klub utrzymał się w pierwszej lidze, ale do drugiej ligi spadł jego dawny wielki rywal – klub Tipografía Nacional. W roku 1982 tylko lepsza różnica bramek uchroniła klub przed spadkiem.
Powrót na szczyt
Z sezonu na sezon klub spisywał się coraz lepiej, aż w roku 1987 po 11 latach posuchy klub znów został mistrzem Gwatemali. Ojcem sukcesu był argentyński trener (niegdyś znakomity piłkarz) Miguel Ángel Brindisi. W tym czasie Municipal triumfował w lidze trzy razy z rzędu (dwa razy pod wodzą Brindisiego, a trzeci raz – Waltera Ormeño). Na następny sezon trzeba było poczekać do sezonu 1991/92, kiedy to zespół sięgnął po najwyższe krajowe trofeum pod wodzą nowego trenera Rubéna Amorína.
W sezonie 1993/94 Municipal zdobył swój piąty mistrzowski tytuł w ostatnich siedmiu latach. Tym razem drużynę prowadził argentyński trener Horacio Cordero. W roku 1995 klub był blisko kolejnego zwycięstwa w Pucharze Mistrzów CONCACAF, przegrał jednak w finale z kostarykańskąSaprissąSan José.
Po roku 2000 zreformowano ligę dzieląc ją na dwa turnieje – Apertura i Clausura. Odtąd co roku Gwatemala miała dwóch mistrzów. Po zdobyciu czterech tytułów mistrza największy rywal klubu Municipal, klub Comunicaciones, został klubem z największą liczba tytułów mistrz Gwatemali. Jednak seria zdobytych po reformie tytułów mistrza kraju przesunęła na pozycję lidera tej klasyfikacji klub Municipal. Z ostatnich 15 mistrzostw klub Municipal wygrał 10.