Zawodową karierę rozpoczynał w klubie Miramar Misiones. Spędził tam dwa sezony, w ciągu których zagrał 32 razy i zdobył jedną bramkę.
Quilmes
W 2005 roku przeszedł do argentyńskiego Quilmes AC. W argentyńskiej Primera División zadebiutował 5 października 2005 w przegranym 1:2 meczu z Rosario Central. W pierwszym sezonie w barwach Quilmes rozegrał pięć ligowych spotkań, ale od początku następnych rozgrywek stał się podstawowym graczem swojego klubu. Na koniec sezonu 2006/2007 zajął z zespołem 20. miejsce w lidze i spadł z nim do drugiej ligi. Wówczas zdecydował się na odejście z klubu. W barwach Quilmes zagrał w 34 ligowych meczach.
Argentinos Juniors
Jego nową drużyną został Argentinos Juniors grający w pierwszej lidze. Kwota transferu wyniosła ok. 200.000 euro[2]. Od czasu debiutu był tam podstawowym graczem. 22 września 2007 strzelił hat-tricka w meczu z Newell’s Old Boys[3]. 31 maja 2008 zdobył dwie bramki w spotkaniu z Lanusem[4]. W sezonie rozegrał tam 35 ligowych spotkań i strzelił 11 goli. Natomiast w lidze zajął z klubem 5. miejsce w Torneo Apertura i 8. w Torneo Clausura.
CFR Cluj
W 2008 roku odszedł do rumuńskiego CFR Cluj za 2,5 mln euro. Pierwszy mecz dla nowego klubu rozegrał 27 lipca 2008 r. w ligowym starciu z CS Otopeni. 10 kwietnia 2009 r. w meczu z Glorią Bistrica zdobył pierwszego gola dla Klużu, a także zaliczył asystę. W siedmiogrodzkim zespole występował przez rok, w ciągu którego zagrał w 29 meczach i strzelił jedną bramkę w lidze rumuńskiej. W tym czasie zdobył z klubem również Puchar Rumunii, a także zadebiutował w Lidze Mistrzów.
FC Porto
4 lipca 2009 za 4,5 miliona euro przeszedł do portugalskiego FC Porto, które wykupiło 80% praw do piłkarza[5]. Na Estadio do Dragao miał zastąpić sprzedanego do Olympique LyonAly’ego Cissokho. Debiut El Palito miał miejsce w meczu o Superpuchar Portugalii 2009 z Paços de Ferreira rozegrany 9 sierpnia. Tydzień później, także w meczu z tym samym przeciwnikiem, wystąpił po raz pierwszy w lidze portugalskiej. 3 stycznia 2010 trzykrotnie asystował przy bramkach kolegów w meczu z CD Nacional. Pierwszą bramkę zdobył 21 lutego 2010 r. w wygranym 5:1 spotkaniu ze Sportingiem Braga. Latem 2011 r. po zdobyciu przez SmokiPucharu UEFA odrzucili oni ofertę Chelsea F.C. za Urugwajczyka. 3 października FC Porto podpisało z Pereirą nowy kontrakt mający obowiązywać do 2016 r. Zawarta w nim klauzula odejścia wyniosła 25,7 mln funtów. W barwach Dragões rozegrał 72 spotkania ligowe i zdobył 2 gole (drugie trafienie w meczu z Uniao Leirą 12 lutego 2012).
Inter Mediolan
Pod koniec sierpnia 2012 r. przeniósł się za 10 mln euro do Interu Mediolan. Kwota transferu może ulec zwiększeniu w przypadku zrealizowania określonych celów. Kontrakt wiąże go z Nerazzurrimi do czerwca 2016 r[6] i pozwala mu na zarobki 1,7 mln euro rocznie. Pierwszy mecz w nowych barwach przypadł 2 września 2012 r. w ligowej potyczce z Romą. 26 września 2012 r. zdobył debiutancką bramkę dla Interu w starciu z Chievo Werona (2:0)[7].
Kariera reprezentacyjna
W reprezentacji Urugwaju zadebiutował 19 listopada 2008 r. w bezbramkowo zremisowanym towarzyskim meczu z Francją. Pierwszą bramkę dla reprezentacji strzelił w meczu z Libią. Był powoływany do kadry na mecze eliminacji Mistrzostw Świata 2010. Po tych eliminacjach, które Urugwaj przeszedł po barażach z Kostaryką został powołany do kadry na mundial. Podczas Mistrzostw Świata zdobył, w doliczonym czasie gry, w meczu z RPA, bramkę ustalającą wynik spotkania na 3-0 dla Urugwaju. W 2011 r. wziął udział w turnieju Copa America jako gracz wyjściowej jedenastki Urugwaju, który wygrał po raz 15 te rozgrywki[8], a sam Pereira przyczynił się do sukcesu dwoma trafieniami w fazie grupowej.
Styl gry
Alvaro Pereira wyróżnia się szybkością[9]. Jestem graczem występującym na lewej stronie boiska. Może grać na lewej obronie, lewej pomocy lub jako skrzydłowy[10]. Jako jego zalety wymienia się: przechwytywanie piłki, drybling, podania, dośrodkowania. Zarzuca się mu jednak: zbyt długie utrzymywanie się przy piłce, słabe wślizgi oraz braki w koncentracji. Lubi rozgrywać piłkę po ziemi, preferuje dłuższe podania[11].