Lund var medlem av Vejle kommunestyre 1978–1981, hvoretter han ble valgt til Folketinget for Socialdemokraterne. Han var medlem av Folketinget frem til 1998. I mellomtiden satt han i blant annet Folketingets helseutvalg og som partiets politiske ordfører 1994–1998. Fra 1986 var han medlem av Socialdemokratiets hovedstyre, i periodene 1987–1992 og 1994–1998 som medlem av forretningsutvalget. Han tilhørte partiets venstrefløy og kretsen rundt partilederen Svend Auken.[1]
Lund var helseminister i Poul Nyrup Rasmussens første regjering 1993–1994. Han prioriterte å redusere ventetidene i helsevesenet og øke kapasiteten for hjertekirurgi og psykiatri, tillegg til informasjonsarbeid om hiv og aids.[3] I 1996 ble han kritisert av overlege Palle Juul-Jensen for angivelig å ha latt sin homofile legning styre prioriteringene som minister.[1] Lunds seksualitet hadde ikke vært offentlig kjent før dette, og han hadde barn fra to tidligere ekteskap.[2] Kritikken fikk hans etterfølger, Yvonne Herløv Andersen, til også å stå frem som homofil.
Etter å ha avsluttet sin tid i Folketinget i 1998, var Lund valgt til Europaparlamentet med 84 208 personlige stemmer for perioden 1999–2004. Han har vært programleder på fjernsynskanalen dk4 siden 2003 og politisk redaktør siden 2004. Lund har også vært kritisk til Helle Thorning-Schmidt og den øvrige ledelsen i Socialdemokraterne, og meldte seg ut av partiet ved årsskiftet 2006/2007.[1][4]
