Han har vært medlem av Folketinget for Bornholm siden 1998, og har spesielt arbeidet med utenriks- og sikkerhetspolitikk, utviklingshjelp og forholdet til EU.
Han var styremedlem i den sosialdemokratisk orienterte Danmarks Elev Organisation 1990–1992 og Danske Gymnasieelevers Sammenslutning 1992–1994 og medlem av forretningsutvalget i Operation Dagsværk 1992–1994. Han var formann i elevrådet ved Svaneke skole 1987–1989 og Bornholms amtsgymnasium 1991–1993.
I 1995 ble han nominert til Folketinget fra Aakirkeby og Rønne kretser i Bornholms amtkrets, 21 år gammel. Han var formann i DSU på Bornholm 1990–1994 og medlem av DSUs forretningsutvalg 1996–1998. I samme tidsrom var han ansatt som prosjektkoordinator i Socialdemokraternes internasjonale avdeling. Siden 1998 har han vært valgt til Folketinget fra Bornholms amtkrets, fra 2007 kalt Bornholms storkrets.
Kofod har vært Socialdemokraternes utenrikspolitiske ordfører i Folketinget siden 2001. Han var også nestformann i Folketingets utenrikspolitiske utvalg 2001–2008. Han måtte trekke seg fra postene i mars 2008, fordi han hadde hatt seksuell omgang med en 15 år gammel jente etter et kurs i DSU.[2] I august ble han rehabilitert, renominert til Folketinget og gjeninnsatt som utenrikspolitisk ordfører.[3][4] I 2011 oppnådde han landets høyeste personlige stemmetall, relativt sett, med 6 811 personlige stemmer. Dette tilsvarte hver sjette velger på Bornholm.[5] Etter valget ble han formann i Folketingets utenrikspolitiske utvalg.[6]
Foruten en rekke andre utvalgsposter har han vært nestformann i Socialdemokraternes folketingsgruppe 2003–2005 og nestformann i Folketingets delegasjon til NATOs parlamentariske forsamling. Kofod har vært tillitsvalgt i en rekke internasjonale organisasjoner av parlamentarikere.