Orknøyenes bispedømme var setet til biskopene av Orknøyene, opprinnelig underlagt Nidaros erkebispedømme i middelalderen, og et av tretten bispeseter innenfor området til dagens moderne Skottland. Det omfattet både Orknøyene og Shetland. For bortimot hele siden historie var setet basert i St. Magnuskatedralen i Kirkwall, opprettet av biskop Vilhelm den gamle.
Bispedømmet synes først ha vært en underbiskop av erkebiskopen av York, men periodevis underlagt kontrollen til erkebiskopen av Hamburg-Bremen inntil Nidaros erkebispedømme ble opprettet i 1152, og det geistlige Orknøyene kom inn under hjemlandet Norge. Selv om Orknøyene ikke ble en politisk del av Skottland før i 1468 hadde skotske konger forsøkt å få kontroll over øyene i århundrer. Setet ble dog under norsk kontroll i Trondheim fram til dannelsen av det skotske St Andrews erkebispedømme i 1472, og kom da for første gang under skotsk kontroll.
Bispedømmets tilknytning til Roma opphørte etter den skotske reformasjonen. Bispesetet fortsatte, unntatt en midlertidig avskaffelse i årene 1638–1661, under episkopal skotske kirke fram til revolusjonen i 1688, og året etter ble bispedømmet endelig avskaffet i 1689. I 1878 etablerte Den katolske kirke i Skottland biskopen på Orknøyene på nytt og øyene ble da underlagt det gjenoppståtte og reformaterte Aberdeen bispedømme.
Conran av Orknøyene fra 600-tallet, som betraktes som en helgen, var nevnt som «biskop» på Orknøyene. Det er svært få kilder om hans eksistens. Betegnelsen som biskop må antagelig regnes som lovprisningstittel ettersom den første reelle biskop av Orknøyene regnes Henrik av Lund på midten av 1000-tallet.