Etter at deres mor døde i 175 f.Kr., giftet hun seg med sin bror Ptolemaios VI Filometor ikke lenge etter. Hun var samherskere av Egypt med sin mann, og deres felles bror Ptolemaios VIII Fyskon i en form triumvirat fra en gang rundt 171 til 164 f.Kr.[1]
I 170 f.Kr. invaderte selevkidekongenAntiokos IV Egypt, og ville ha underlagt seg ptolemeiske kongedømme om ikke den romersk blandet seg inn i 168 f.Kr. Romerne ga Antiokos IV et ultimatum; enten trekke seg tilbake fra Alexandria eller føre krig mot romerriket. Antiokos IV valgte å ta løftet alvorlig og trakk seg tilbake og ut av Egypt.
Veggrelieff av Kleopatra III, Kleopatra II og Ptolemaios VIII Fyskon foran guden Horus.
Ptolemaios VI Filometor ble kronet i Memfis og styrte sammen med Kleopatra II, men i 164 f.Kr. ble hun og hennes ektemann avsatt av deres bror Ptolemaios VIII Fyskon, men ble kom tilbake på tronen året etter.[2] Ptolemaios VIII Fyskon ble isteden gjort til hersker av Kyrenaika (den østlige kystregionen av Libya), men forholdet mellom brødrene var ikke godt. Ptolemaios VI forsøkte å forsone seg med den yngre broren ved å tilby ham sin datter Kleopatra Thea, men det ble ikke noe av. Hun ble isteden gift med Aleksander I Balas, en tvilsom motkonge i Selevkideriket som Ptolemaios VI Filometor støttet, men siden endret seg. Han ga sin støtte til Demetrios II Nikator som siden ble Kleopatra Theas andre ektemann. I et slag i Syria ble Balas overvunnet, men Ptolemaios VI fikk så pass store skader at han døde i 145 f.Kr.
Kleopatra II gjorde det beste ut av det ved å gifte seg med den yngre broren Ptolemaios VIII Fyskon det samme året. Om hun også ga sitt samtykke til at Fyskon i 142 f.Kr. også giftet seg med Kleopatras yngre datter og hans niese, Kleopatra III, er mer uvisst. Det er i alle fall sikkert at hun i 131 f.Kr. ledet et opprør mot Fyskon og klarte å fordrive både ham og datteren ut av Egypt.[1] På denne tiden hadde Fyskon myrdet både sin stesønn Ptolemaios VII Neos Filopator og sin egen sønn Ptolemaios Memfites. Det ble sagt at han fikk sin sønn lemlestet og fikk sendt hans hode og føtter til Kleopatra II i Alexandria som fødselsdagspresang.[3]
Høsten 131 f.Kr. kontrollerte Kleopatra II hovedstaden Alexandria og Ptolemaios VIII Fyskon dro til Kypros hvor han ble værende fram til våren 130 f.Kr. Kleopatra II ble da tvunget til å flykte og søkte tilflukt i Syria. Der hadde hun sin datter Kleopatra Thea og sin svigersønn Demetrios II Nikator, konge av Selevkideriket.[4] I 128 f.Kr. kommer hun tilbake til Egypt sammen med en selevkidehær fra Syria i et forsøk på å gjenvinne sin posisjon, men hæren gikk på et nederlag i nærheten av Pelusium. I 124 f.Kr. kommer hun igjen tilbake, men kildene er uklare til hvorfor.[4] Det ble erklært en offentlig forsoning mellom Kleoptra II og Ptolemaios VIII Fyskon det samme året. Etter dette styrte hun sammen med ham og sin datter fram til den 28. juni 116 f.Kr. da Ptolemaios VIII Fyskon døde. Deretter fortsatte Kleopatra III som hersker av Egypt, mens hennes mor etter oktober 116 f.Kr. forsvinner fra kildene. Det kan antyde at hun rett og slett døde kort tid etter.[1]
Berenike, født en gang mellom 163 og 160 f.Kr., men døde ung en gang ca. 150 f.Kr.
Kleopatra III, født mellom 160 og 155 f.Kr. Gift med sin onkel og morens ektemann Ptolemaios VIII Fyskon.
Ptolemaios VII Neos Filopator, født ca. 152 f.Kr. Myrdet i 130 f.Kr. av Ptolemaios VIII Fyskon.
Kleopatra II giftet seg med sin bror Ptolemaios VIII Fyskon en gang rundt 145 f.Kr. De hadde minst en sønn:[1][5]
Ptolemaios Memfites, født en gang mellom 144 og 142 f.Kr. Han ble myrdet av sin egen far i 130 f.Kr. Ptolemaios Memfites er en uklar skikkelse, og det har blitt hevdet at han er identisk med Ptolemaios VII Neos Filopator, men det er ikke gjennomgående akseptert av alle historikere. Også Ptolemaios VII er en uklar historisk figur, hvilket også gjør identifiseringen vanskelig.[3]
