Han var sønn av faraoPtolemaios XII av Egypt og etterfulgte ham våren 51 f.Kr. som medhersker med sin eldre søster Kleopatra VII. I oktober50 f.Kr., ble han forfremmet til likestilt med sin søster, selv om Pothinus fungerte som regent for ham. Våren 48 f.Kr. forsøkte Ptolemaios og Pothinus å kaste Kleopatra for å gjøre Ptolemaios til enehersker. Pothinus ønsket å være makten bak tronen. De klarte å få henne til å flykte fra Alexandria, men hun organiserte snart sin egen hær og en borgerkrig startet i Egypt. Snart begynte en annen søster, Arsinoe IV, av dem å kreve tronen, noe som kompliserte situasjonen.
På dette tidspunktet kom den beseirede romerske generalen Pompeius til Egypt for å søke tilflukt fra sin rival Julius Cæsar. Til å begynne med lot Ptolemaios og Pothinus som om de aksepterte hans forespørsel, men den 29. september48 f.Kr. myrdet Pothinus generalen personlig i håp om å vinne Caesars gunst da den seirende generalen ankom. Da Caesar kom ble han møtt med hodet til sin avdøde rival og tidligere allierte, men skal reagert med avsky i stedet for å ha blitt fornøyd. Kleopatra viste seg å lykkes bedre i å vinne Caesar sin gunst og ble hans elsker. Caesar ordnet henrettelsen av Pothinus og den offisielle tilbakekomsten på tronen for Kleopatra, selv om hun aldri offisielt abdiserte, og hennes ekteskap med Ptolemaios.
Fortsatt bestemt på å kaste Kleopatra, allierte Ptolemaios seg med Arsinoe IV og sammen organiserte de fraksjoner av hæren som var lojal mot dem mot de som var lojale mot Kleopatra og den relativt lille delen av Caesars hær som hadde fulgt ham til Egypt. Slaget mellom de krigende fraksjonene skjedde i midten av desember i 48 f.Kr. inne i selve Alexandria som led store skader inkludert ifølge noen kilder brenningen av noen av bygningene som utgjorde biblioteket i Alexandria. Ankomsten av romerske forterkninger fra Pergamum gav seieren til Caesar og Kleopatra, og Ptolemaios og Arsinoe måtte flykte fra byen. Ptolemaios skal ha druknet 13. januar47 f.Kr. mens han forsøkte å krysse Nilen. Om han forsøkte å flykte videre eller var på vei mot forhandlinger forblir usikkert i våre kilder fra tiden. Kleopatra forble den ubestridte herskeren av Egypt selv om hun utropte sin yngre bror Ptolemaios XIV av Egypt som hennes nye medhersker.
