Etter general Itzenplitz' bortgang, nedla Wöllner i 1760 sine kirkelige verv og forpaktet generalens eiendom. I 1768 giftet han seg med generalens eneste datter grevinne Charlotte Amalie Elisabeth von Itzenplitz (1742–1801). Denne vielsen mellom en pastor og en adelig falt imidlertid Fredrik II av Preussen tungt for hjertet. Den prøyssiske monarken eksproprierte «Frau Wöllner» og overførte henne til Berlin som husholderske.[trenger referanse]
I løpet av denne tiden forfattet Wöllner enkelte polemiske skrifter, deriblant Die Aufhebung der Gemeinheiten in der Mark Brandenburg («Avskaffelsen av lokalsamfunnene i Mark Brandenburg»). Gjennom disse pamflettene kom han i kontakt med Christoph Friedrich Nicolai og ble hans medarbeider ved landbruksbiblioteket Bibliothek über landwirtschaftliche Fragen.
Den prøyssiske monarken nektet frem til sin død den 17. august 1786 å adle Wöllner, som han karakteriserte som «en listig og intrigeskapende pastor».[trenger referanse]
Wöllner grunnla ikke lenge etterpå sin egen Rosenkors-losje, og den 8. august 1781 ble kronprinsen – den senere Fredrik Vilhelm II av Preussen, innviet i Rosenkorsordenen.
Over tid fikk Wöllner en viss innflytelse over kronprinsen. Den 26. august 1786 ble Wöllner i hemmelighet utnevnt av den nye makthaveren til minister for økonomi og forsvar (Finanz-, Kriegs- und Domänenrat) såvel som til Oberhofbau-Intendant.
Den 2. oktober samme år ble han endelig adlet, og fikk tilbake sine konfiskerte eiendommer som han hadde arvet etter Itzenplitz. Over tid kom det til å utspille seg en økende intern maktkamp, som førte til at Wöllner ble spilt ut på sidelinjen og erstattet av Karl Abraham von Zedlitz.[trenger referanse] I stedet fikk Wöllner embedet som justisminister.
Som justisminister fikk han den 9. juli 1788 gjennomslag for det såkalte «Wöllnerske religionsedikt». Gjennom denne forordningen ble den lutherske kirke utsatt for undertrykkelse og utbredelsen av opplysningstidens idéer forsøkt stanset. Ediktene ble ikke opphevet før etter mer enn fem år, den 27. desember 1793. Blant sensurforordningene innførte Wöllner forbud mot forelesninger i Immanuel Kants filosofi ved den kongelige eksamenskommisjonen. Wöllner angrep de tre største lokale retningene innenfor kristendommen, og truet dens representanter med rettsforfølgelse og avskjedigelse fra sine verv.[trenger referanse]
Etter Wilhelm IIs død den 16. november 1797 var Wöllners politiske karriere over. Den 11. mars 1798 ble han avskjediget og bodde på sine eiendommer i Brandenburg, deriblant på landeiendommen Groß-Rietz som han hadde kjøpt i 1790. Der døde han i en alder av 68 år den 10. september 1800.
