Kibbutzen vart grunnlagd på ein tell kalla Ruba al-Natzra under Hanukkah i 1923 av dei første emigrantane i den tredje Aliyah. Året etter kom ei gruppe til frå Haifa, og i 1930-åra kom Hashomer Hatzair-medlemmar frå Aliyah Bet. Under Palestinamandatet var Mizra eit hovudkvarter for Palmach, fram til det vart oppdaga av styresmaktene i Mandatet under Operasjon Agatha i 1946. Kibbutzen har òg eit museum som syner historia til Yishuv.[2]
Ein finn namnet Mizra på kart frå mellomalderen, men opphavet er ukjend. Ein teori er at det kjem frå det nærliggande Nahal Mizra, men somme trur at det er knytt til Hovat Mizra, ein gammal gard i området.