In 1971 deed Aubert zijn intrede in de federale politiek toen hij voor de SP in de Kantonsraad werd gekozen (tot 1977). Van 1971 tot 1977 maakte hij deel uit van het bestuur van de Universiteit van Neuchâtel.
Van 1974 tot 1977 maakte Aubert deel uit van de Zwitserse delegatie bij de Raad van Europa en zat hij in de toelatingscommissie die adviseerde over de toetreding van het democratisch geworden Portugal tot de Raad van Europa.
Als minister van Buitenlandse Zaken stond hij een beleid van actieve neutraliteit voor. Hij bezocht Zuid-Amerikaanse- en Afrikaanse landen. In Nigeria tekende hij een verklaring waarin Zwitserland apartheid afwees. Hij was de eerste Zwitserse minister die contacten aanknoopte met de Palestijnse Bevrijdingsorganisatie. In juli 1980 ontmoette hij Faruk Kaddhumi in Bern. Pierre Aubert wees voortdurend op het belang van het naleven van de mensenrechten, zowel in Zwitserland als in de rest van de wereld. In 1981 was hij voorzitter van de Raad van Ministers van de Raad van Europa.
Hij leidde een campagne voor Zwitsers lidmaatschap van de Verenigde Naties die geen succes had, want bij een referendum in 1986 was slechts 24% van de kiezers voor.
Pierre Aubert was in 1982 en in 1986 vicepresident en in 1983 en in 1987 bondspresident.
Na zijn aftreden als lid van de Bondsraad was Aubert vicevoorzitter van de Centrale Raad van Zwitserland-Israël Vereniging.
.svg){kind=small}
